NCBI分子数据库介绍.docx

NCBI分子数据席介绍小米助中理生命科学论k史瓶附醐2003-10-122:33:00MU*M（11UCleotides） EntrezKfft-IIJaccessionnumberf物神,从国/图白名?，吸戊许多其它的文本术语来按J核做杼列记录（在GenBankPDB中）.更名的关JEmreZ的仅恩见F假U也检索大衣数据.也可适用BakhEntreZ（枇用EntreZ） RefSeqNCBI教推陀的号号序列.校正的作冗余0!合包括正闻”IDNAcongs.己知生困的ERNAS和维fl.在将来完全的辿色体.AccessaoanumbersfflNTxxxx×x,NMxxxxxx,NPXXXxXx,和NCX）Oooa的形式来&示。 dbEST-表达序列标究数后本,短的.小次（则序同读的6NA序列.也包拈来自F龙舁显示和RACH试躲的CoNA序列.,"GSSH“网盒序列的救州冲，短的、生次潴序欣读的CDHAI砂Jeontrap获得的序列,85nwVBA。YAC末端.及其他YbSTS序外b茶位点的数据性，瓶的在M闪加上可以被叩f作的序列，用于产生作用位点，dbSNP-冷核背酸多态性数据中,包拈SNPs小他IH的抽人/收失,多态，Ril单元,f11ftP¾W.知!的因H每0Genocne和Maps温分.包整各种物种资源,人小似W.解忧线Ul记乐虫如侑.病也virjs.an.UniGene-被整理成毅的ESr和全长mRNA序列.个代表书特定已知的或INiS的人大他闪fj定位图和衣达信,0以及向我它资滋的交叉卷等.序列数幅可以以duster形W花UnigeneM页Frt.完整的数据可以从FTP站点reposftory11iGeneHliTb-tt.1 奶牛UmGene2 .人类UnKkne3 .小MUntGene4 .AUniGene5 .我,，例UNGeneB1.AST-格你的序列问核酸际中的用样丹比较，%4U付保的序列.史A体的信息见下面YoOis/Sequence相位搜H部分）白序列（ProteInS） Entrez1.fl-HJaccessionnumberzfftt.卷钟.AUw黑白名字.以A许多其它的文本木用来投Jgi门序列记录在GenPept÷Swlss-Prot+PlR+RPF+PDB中,史乡的关干Entrez的信息见卜.假如要愉索大M数据,也对运用BatchEntrez（批WEntrez）, RefSeq-NCBI数据油的猿考序列.Curated,H冗余处台包孤丛囚址DNAcocttgsr已知峪IAl的mRNAs和蛋门.在符累完全的案色体)AccessionnumbersHJNT_xxxxxxfNM.xxxxx×rNP.xxxxxx,和NC_xxxxxx的形式来表示 HWgenpep1.fsa,ZZft,这个文件包含/从GenBdn0EMBUDDBJ记椒中料汗过来的FASTA格式的额彩假序列.这尊记兼都中到两个CDS恃忤的筠逑, ConsentDo<naDatabase(CDD)-微门即常常包含若干模块或域每个”不同的迸化源及功能.CQ-Search服务可用来标记保存域中的第白质序列 梦见Genocne和Maps部分,包整各种物种资助人小血大鼠.侪环.我虫,亚松虫细侑.朝帆VirBds质机Entrez坛四组供应广个娘码K的概要和各种物种的分类衣(TaxTaWe).张闾K微笈列出了在阳人闽中全加的的米门并供碣Vt接到FASTA文件和B1.AS1.分类业总站广柒门B1.AST分析的结果.建议他们的可能功能并用顺色里闪的图米M乐物和同我它物种之何的关系(ftbVGenomes和MaPs；邰分EntreZ妙内加的咬描逐) 格囚戊米门从代P站点的genbank/genomes书H卜卜戏各钟物舛的FASTA格忒的气总酸序列*.faa和蛋白&文丹.ptt.参见readme工件.家门表也可以在EngZ在闻M中介乳.PR0WWG>.的蛋白资源，关于大妁200种人类的CD刖胞农而分子的由以中方向分、为每个CD抗炮供牧人的20中标注伯恋的分类(牛.化功能.闻体.第等) B1.AST将你的中列何击白阵中的的序列比较,橙宠相处的序利.史具体的信息如卜向T8tSequenoe相像檀守那；分)MM(Structures) 结杓E贞关于NCBI结构小组的殷信息和他们的探计安扑,丹外也可以访问分广模型数据阵MMDB)和用来搜寻和限示结内的相关工日.MMOel分广5梨数据阵个关于：址生物分广结构的数据底，结构来自fXrayM体衍射WNMR色谱分析,MMDB比来源Brookhawn维门数招旅Poe)=堆蚣构的冏分.解除那些即说模PMM0水籍组织和较证了这些麓息.从而保证在化学和大分子二椎结构之何的交义替考.U«的说明竹包括生物多米体的空何鳍构.这个分子在化学上是如何组织的，图及我乐的才的琵指斜、利用将化学，序列，和结构信息整合在起MMDB安排成为第F结构的网源IC基化和送门结构预;1的资源限务.MNDB的记录以ASMl格式存储.可以川C113DzRasmoi,iKinemageU,h.另外.毁狗库中英惧的结构己经被用VAST确i.集的结构可以用VASTSednzh来问效挺咋进行比牧. Cn3D-Seein>D-.个MJNCBI«枢称的绐杓和序列相像显示工况它允许税察3D结构和序列结构或延构结构河源比以.63。用起来就象你他读蹲上的一个帮助1.Jb-VAST-欠M河源比较援洒工具-个在NCBl叶发的计口。池,用于确定物惬的蛋门Jft*l构个站构的结构如居；是位先it尊好的,用旦可以通过MMDB的结构极为或面的话接访问”这些铭M何以川来仍仇那些不能被序列比较识别的远的网源性. VAST搜;/-站构-玷构相快搜寻取务,比较个新解出的张白结构和在MMDB/POBKiM座中的结构的二堆里标.VAST慢Jil第一系列可能会Mi交互同次的结构转*.用分子图彬来视察甲典和同祝相世.然学（taxonomy） NCBI的分类数据Ml：负-关于分美女拉的般倍患，包括分类85图和JINCBI分类学家合作的外都管理者的列 分夫闾改器IrJNc81的分奏依貂座,包括大F70000个物种的名字和构系.遮些物林都至少在逃传教和M中方一条核酸或筑口汴列.可以检*一个特定种成并史高分类（1M科）的核班,3i11.和站内记录.但WfJ新物种的序列数据被放到数柒14中,这个物种就苴加到分类）数据牛中，.NCBl的分类数据中的Il的是为序列数据寿建立个样的舛后发生分类学。 分欠B1.AST-具体的信息见卜面TOOHSeqUenCe相似授小部分，