pymol使用教程.docx

简介/安装PymOl是一个开放源码,由运用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren1.yfordDe1.anO编写，并且由De1.anoScientific1.1.C负责商业发行。Pymol被用来创作高品质的分子（特殊是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在全部正式发表的科学论文中的景白质结构图像中，方四分之一是运用PymOl来制作的。Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，mMoIw则是英文分子（mohcule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。由于试验须要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程汜录卜来，希望对有须要的挚友有所帮助。今日先来说说安装吧。自2006年8月1日起，De1.anoScientific对事先编译好的PyMo1.执行程序（包括beta版）实行限定下栽的措施。目前，只才付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费卜.栽，供运用者编译。假如你和我一样，不想为此花钱的话：1 .假如你是WindOWS用户，首先下载PymOl的源代码。然后安装CygWin,并且确保正确安装以F模块： C+（gccorg+packagename） PythonOpenG1.PNG然后在源代码书目里面依次运行：2 .假如你是1.inUX用户，首先确保以下东东已安装: Python Pmw OpenG1.driver（我用的是NVdia） Iibpng Subversionclient（卜栽源代码须要）然后吓载PymoI的源代码$mkdirpymol-src$svncopymol-src然后进入源代码书目# cdpymol-src起先依次编译# pythonsetup.pyinstall# pythonsetup2.pyinstall拷贝执行脚本到某个$PATH,安装就搞定了# cp.pymolusrbin假如运行时得到错误信息"ImportError:NomodulenamedPmW"，那么你应当运行# pythonsetup2.pyinstallpmw假如你在运用Gentoo,请确保编译python时添加了tcl/tk支持,否则运行是会提示错误"ImportError:Nomodulenamed_tkinter"# USE="tcltk"emergepython好了，下面我们就可以进入PymOl的世界基本的KI标掾作里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括用“菜单、加栽文件、图像的基本鼠标操作等等。当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面:该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口(ExternalGUI)和F面的ViCWCrWindOWoViCWerWindOW又分为左右两块，左边用来显示结构图像的(VieWer),右边则是一个内部GUl窗口(InternalGUI)oViewer自身包含一个吩咐行(如图中左下方的PyMo1.提示符)，可以用来输入Pymol吩咐；在InernalGUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。ExternalGUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个吩咐行输入区以和右边的一些常用吩咐按钮。请留意，标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExtenalGUI中完成，并且必需运用“Ctrl+C、Ctrl+X以和Ctrl+V”来完成，这也是这个所谓的外部GUl的最重要的优点。加载文件，有二种方法：1 .在ExternalGUI中选择File-Open2 .运用吩咐行：load<>例如我们现在从上下载了一个离子通道蛋白的Pdb文件（PENTAMERIC1.IGANDGATEDIONCHANNE1.FROMERWINIAChrysanthemi),名字为2vio.pdb,然后用PymOI打开它:load2vl0该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图:PyMO1.ViewerPW1.>loi*eiwelDesktf3Z2V1.0.pdb.ButtonViOMlnCShSeleIvwlClk*C*>1CIkHcojSlabMSHvSZMovZButtons1.&KeM5Rot«ShftBo×SelectinfPeelduesS3te(1/13OZsecMoveMovZ-BomClipPkAtPklOrieClipCentMenu-PkAtAlXQ最终一项“移动剪切乎而”有点不简洁理解，须要多试几次.协作下面的示意图你会发觉Pymol的这项设定其实很便利。MovefrontclippingplaneinwardMovebackclippingplaneoutwardExpandwedgeMovewedgeinwardRightClickMovebackclippingplaneinwardMovewedgeShrinkoutward，wedgeMovefrontclippingolaneoutward今日没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用面这个图作为结束,其实就是用cartoon的形式显示了匕面的那个蛋白质，不过还比较难看OOOPyMOlViewerMcuwH>d3-tto11¼2rButton*1.NPU*lfcKauaRotaHoveMovZSlabShi.»Be»BoxClipMovS-I-PfcAt夕卜1Mv$2讣SeUOrI*Clip11ovi:,”-CmEMenuICUMez-PKAtSelectingReng2StateC1/11XVcByweiIuPyMO1.用法（教程二）aPymo吩喈这里主要介绍一下Pymol的一些基本吩咐操作。就像1.inUX一样，要想更好的操作Pymo1.驾驭一些常用的吩咐是必不行少的CPymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，全部的吩咐都是运用小写字母的C当你起先用PymOl来完成一个项目时，你或许想会让PymOl自动保存你全部输入过的吩咐，以便利日后你再次读取并修改。这个可以通过创建个IOg文件来达到，该文件的后缀名应为pml,记住，PymOI像1.inUX一样竞持Tab键吩咐补全：Pymol>log_openIog-假如你想终止汜录，只须要键入：Pymol>Iog-Ck）Se好了，现在载入Pdb文件（接着前用的Pdb文件）：Pymol>load2vlo.pdb现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面望见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：Pymol>load2vlo.pdb,test下面说说如何来操作你新建的对象。首先：PymO1>showrepresentationPymO1>hiderepresentation其中rcprcsentation可以为：cartoon,ribbon,dots,spheres,surface和mesho运用这2个吩咐可以让Pymol以不同的方式显.示蛋白质结构。例如当我们键入：Pymol>hidelinesPymO1>showribbon我们将得到如下结果:PyMOlViewerMouswMod*3-Butto11Vi«Buttonti.KeuiPotShrtBo*Ctr；/-CtShSele/KiCR/-DolClkMenuMove-BoxPkAtOrifCentKovZSlabClipMoVS；PklMVS乙ctngResickjece11/1)zec或许你已经留意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已,那么如何让PymOl只显示当中的一个分子呢？首先输入如下吩咐：PymO1>labelall,chains这个吩咐的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发觉，第一个分子由“链”A-E组成，其次个则由F-J组成。好了，假如我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A-E或者F一J去掉即可:Pymol>hideribbon,chainf+g÷h+i+j上面的东东还可以这样完成：Pymol>selecttest,chainf+g+h+i+jPymO1>hideribbon,test上面的第一句吩咐的作用是选择“链”F-J,并命名为test,然后在其次句吩咐中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的限制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。比如你可以：PymO1>hideeverything,testPymol>showcartoon,test这样你会得到:PyMO1.Viewer(test>Mou>Ko3-Buttcn7i«HOVeBoxPkfttOrlgCentMovZ一CHpIPktI.CHpMovZMenuPkAtButtons1.t>>>4¾RotaShrtB×Ztrl/-CtShSI门卜/一DblClkMenu说到这里就提到rPymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是:Pymol>selectselection-name,selection-expression其中名字可以由字母Aa-Zz,数字09已经下划线组成，但是要避开运用：!#$%八&*()'v>?/假如你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：Pymol>deleteselection-namePymO1>deleteobject-name下面讲讲如何给对象以和目标变更颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUl窗口的SettingS-COIOrS中找到：Pymol>colorcolor-namePymo1>colorcolor-name,selection-expression比如我们可以：Pymol>colorred,sshPymO1>coloryellow,SSSPymol>colorgreen,ss1+""其中"ss”代表secondarystructure,"h"代表Helix,"s”代表Betasheet,1+"”代表1.oop和所以其他结构。这3句的作用分别是把全部的Helix变成红色；把全部的Betasheet变成黄色；把全部的1.oOP以和其他部分变成绿色，于是我们得到:PyMO1.Vieweru11BTIf1o-0011Fr<tt>-OBFBFButton*1.RotASftBoxCtr1三CtSfSlSn<lClk-%)lClkMenuBUScnVieMMove-B<PkAtOri*C11tSelec(r>fResiduesStt(1/130cR3hRHgNSlAbClipMovSPklH/S2ClipMovZMenuPkAtPymol可以同时打开多个Pdb文件：Pymol>loadobject-name-1.pdbPymol>loadobject-name-2.pdb假如你想短暂关闭/打开某个对象，可以这样：Pymol>disableobject-name-1Pymol>enableobject-name-1你也可以用disable吩咐去除最终个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该吩咐并不会使你选定的H标不行见。Pymol>disableselection-name运用鼠标通常是变更图像视角的最便利的方法，不过吩咐如zoom,orient等等有时候运用起来也是很有用的，它们供应了另种变更图像视角的方法。放大选定H标:Pymol>zoomselection-mime定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸整直髭示：Pymol>orientselection-name你也可以用VieW吩咐保存你目前的视角，留意，该吩咐只保存视角，并不保存你的对象显示方式：PymO1>viewkey,action其中“key"是你随意给当前视角定的名字，“action”可以为：store或者recall。假如不加任何“action”，则默认为recall：Pj,mol>viewv1,storePymol>viewvl,recallPj,mol>viewv1说了这么多，最终说说如何保存文件吧。PymoI有3个层面的保存方式，下面来分别说说。1 .运用I。1。PCn吩咐把你全部运用过的吩咐记录为一个文本文档：Pymol>log_openscript-这样以后当你再次询用该文档时，Pymol将执行上面的全部吩咐：Pymol>SCriPt-不过留意，假如你想记录当前视角，则必需运用gejview吩咐。你可以选择外部GUl窗口中的FiIe-Append/Resume/Close1.og来分别暂停记录/复原记录/停止记录该文档。你可以随时编辑该文档。在IinUX下，该文档的默认保存书目为当前用户的home书目。2 .假如你想下次打开PymOl时干脆回到当前所在的状态，那么你可以选择外部GUl窗口里面的FiIe-SaveSession,创建一个会话文件(.se)O该会话文件和上面提到的文档文件的区分在于，首先文档文件可以编辑，但会活文件不行以；记录文档文件前必需先运行log_OPen吩咐，而会话文件可以随时创建；最终文档文件以文档形式运行(),而打开会话文件则必需选择外部GUl窗口中的FiIe-Openo什么时候须要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满足时只须要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用，这正是PymoI所缺少的C希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件似乎就没什么大用了，呵呵。3 .假如你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片。在这之前你可以运用ray吩咐来优化你的图像，它可以使你的图像具有二维的反射和阴影特效：Pymol>rayPymol>'pnzyour_path/image_name最终就用该吩咐导出的图片结束这次笔记吧CPymol吩喈的语法与目标选界的表达上次介绍一些Pymol的基本吩喈。现在来具体说说Pymol电喈的语法,还有在逸舞操作目标应当假如表达。个人觉得这部分内容对学习Pymol来说是至关要的O从上次讲的一些例子中不难看出,Pymol的冷喈都是由关健词(keyword)加上一些变(argument)也成，格式如下：T11nol>keywordargument其中关健词(keyword)当然是必需的，而变则不是必密的，比如退出吩喈quit就不例附加变量:Pymol>quit当然更多的吩喈通常是融加变量的，比如放大吩喈Rom,但是你会发党即使你不加任何变量诙吩咐也可以祓执行，这是因为Pymol的提多吩喈有一个默认如t,下面两个吩咐的作用是一样的，其中的目标选择all就是Zoom的蚪变：Irmol>zoomPymol>zmall还有些吩喈可以带多个参数，比如加色吩咐818,它的用法如下：Pymol>81Orcolor-name4mol>lorcolor-name,stiection-e>ression第一个81Or虽然只带一个受"81or-name,但其实它包含了其次个收认交all,所以它的作用是把柒个结构变成"81or-name"的色.其次个lor带两个初t,和第一个的区分就是把默认的目标选择变aU变成了-SeIeCtiOn-expression",也就三说只有祓这个如lift中的部分才会被变成"81or-name.定义的色。要留意的是，假如一个吩喈带多个变量，则这些变北之闾必儒用理号丫厢开。通过这个例子，大家可以发觉，有些变本身是假简洁的，比如"lor-name",就是一个色名字而已，没什么困难的。另一些则不一样,比如为election-e>P8i<m,它可以很倚洁，也可以将期的困摩。这个东东，我蒿之为选择表达，对Pymol吩咐的运用特案重要，所以下看要具体的讲一下。选舞表达(sdection-expresaion)表示的实际就是一些祓选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个HeIiX,Betasheet,或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次运用它们。名字可以由大小写字母，数字以和下划线1.Jia成，但是因避开运用下列符号：选界表达由所谓的、elector"加上"identifier"蛆成，其中-selector"定义了某类属性，而"identifier"J在该类属性下那K被选算的谢九如下例：I0nol>selecttest,namec+o+n+ca其中Fame"就是一个selector,它表示在pdb文件中描述的原子的名字;"c+o+n+ca"则是对应的"Indentifier",它表示我们要选界Pdb文件中名字叫"ca+cb"的原子(Ca代表alphacarbon,cb代表betacarbon)o要个语句的作用就是选界上诉的原子并命名为"test，这样我们可以在后面接着运用它。下表列出了大多数的selector：Selector筒写Identifier和例子symbole.chemical-symbol-list周期表中的元素符号Pj,mol>selectpolar,symbolo+nnamen.atom-name-listPdb文件中的原子名字PymO1>selectcarbons,nameca+cb+cg+cdresnr.residue-name-list刎必酸的名字Pymo1>selectaas,resnasp+glu+asn+glnresii.residue-identifier-listpclb文件中基团的编号P,mol>selectmultsl,resi1+10+100residue-identifier-rangePj,mol>selectnterm,resi1-10altaltalternate-conformation-identifier-list些单字母的列表，选择具有2种构型的氨基酸Pymol>selectaltconf,alta+bchainC.chain-identifier-list一些单字母或数字的列表Pj,mol>selectfirstch,chainasegiS.segment-identifier-list一些字母（最多4位）的列表PymO1>selectligand,segiIigflagf.flag-nummer一个整数(031)PymO1>selectfl,flag0numeric_typent.type-nummer一个整数PymO1>selecttype1,nt.5text_typett.type-string一些字母(最多4位)的列表Pj,mol>selectsubset,tt.HA+HCididexternal-index-number一个整数Pj,mol>selectidno,id23indexidx.internal-index-number一个整数Pymol>selectintid,index23SSSSsecondary-structure-type代表该类结构的单字母P>,mol>selectallstrs,SSh+s+l+""下表是另一些S&ector,有关比较的:Sdector筒写ICIaltifier和例子bbcomparison-operatorb-factor-value一个实数，用来比较b-factorPymol>selectfuzzy,b>12qqcomparison-operatoroccupancy-value个实数，用来比较OCCUPanCyPymol>selectIowcharges,q>0.5formal_chargefc.comparison-operatorformalcharge-value一个整数，用来比较formalchargePymol>selectdoubles,fc.=-1Partia1.chargepc.comparison-operatorpartialcharge-value一个实数，用来比较partialchargePymol>selecthicharges,pc.>-1另外有一些Selector是不制5Identifier的，它们祓不在下表中:Selector筒写描述all*全部当前被PymOl加栽的原子nonenone什么也不选hydroh.全部当前被Pymol加载的氢原子hetatmhet全部从蛋白质数据库HETATM记录中加栽的原子visiblev仝部在被“可见”的显示的对象中的原子presentpr.全部的具有定义坐标的原子在Identifier中用到的原子以和氨基酸的命名规Jll可以在下修的网址中找到：在选抨表达中，selector还可以林作嵬辑舞作子(logicaloperator)运用，这样我们可以表达更加困难的边界。这些掾作子被相下表中：Operator简写效果与例子notsi!si选择原子但不包括Sl中的Pymol>selectsidechains,!bbsiands2si&s2选择既在Sl又在s2中的原子Pymol>selectfar_bb,bb&farfrm_tensiors2siIs2选择SI或者s2中的原子(也就是包含全部的Sl和s2原子)Pymol>selectall_prot,bbsidechainsiins2siins2选择si中的那些原子，其identifiers(name,resi,resn,chain,segi)全部符合s2中对应的原子Pymol>selectsame_atom,peptinprotsilikes2si1.s2选择si中的那些原子,其identifiers(name,resi)符合s2中对应的原子Pymol>selectsimilar_atom,peptlikeprots1gapXsigap选择那些原广，其vandcrWaals半径至少和SlX的vanderWaals半径相差XPymol>selectfarfrm_ten,resi10gap5siaroundXsia.X选择以Sl中任何原子为中心，X为半径，所包括的全部原子Pymol>selectnear-ten,resi10around5siexpandXsie.X选择以Sl中任何原子为中心，X为半径,然后把Sl扩展至该新的范曲所包含的全部原子Pymol>selectnear_tcn_x,near10expand3siwithinXofs2siw.Xofs2选择以s2为中心，X为半径，并包含在Sl中的原子Pymol>selectbbncarten,bbw.4ofresi10byressibr.si把选择扩展到全部residuePymol>selectcomplete-res,br.bbnearlbyobjectS1bo.si把选择扩展到全部ObjeCtPymol>selectnear-obj,bo.near.resneighborsinbr.si选择干脆和Sl相连的原子Pymol>selectvicinos,nbr.resi10这些逑辑选择还可以蛆合运用。比如你想逸界Chainb,但是不选算其中的residue88：Pymol>selectchainband(notresi88)在运用多逻辑选界时，为了让PymC）I正确处理依次，请运用括号，这样最里层括号里看的内容将会被最先处理，以此类推。好了，目标选算就先说到这里。其实关于目标边界还有所谓的“宏”可以用，可以简化表达式，打算下次说说。byWd1.tt-PyMo1.用法（教程三）Pymol的选界宏上次具体讲r如何在Pymol中怎么用selection-expression选取H标，其实在某些状况下，还可以用Pymol供应的宏来选择操作目标。运用这个选择宏往往可以是一个原本很困难的表达变得简洁紧凑。例如我们想选择2vlo这个pdb文件中的"Chaina"中的第1OO个基团的炭原子，假如用SeIeCtiOn-expression来表达的话是这样：Pymol>selectchainaandresi100andca假如用宏的，可以这样：Pj,mol>selecta/100/ca是不是觉得简洁r很多。好r,下面就来具体讲讲这个宏吧。因为这个宏是用来选择目标的，所以我称之为选择宏，它用斜杠”/"来定义Identifier,并且它运用上次介绍过的逻辑操作子"and"。一个完整的，按依次的选择宏的表达如F：object-namesegi-identifierchain-identificrresi-idcntifiername-identifier之所以说选择宏是有依次的，是因为PymoI就是靠依次推断每个斜杠后面的东东都是什么东东C假如再细分一下的话，其实这个选择宏有2种写法，一个是带开头的斜杠,另一个是不带开头斜杠,区分是：假如不以斜杠开头，那么PymOI则认为你的表达式的最终一项就是选择宏的末尾的最终一项，也就是name-identifier。例如：PymO1>showlines,a/100/caPymO1>showlines,100/ca如过以斜杠开头，那么Pymol就认为你是从选择宏的表达式的顶谓起先的，也就是从/object-name起先的C例如：Pymol>zoom2vl0/a/100/caPymol>zoom2vl0a100细心的读者确定发觉了匕面的例子中有两道斜杠中间什么内容也没有，不会是写错了吧？当然不是，其实在这种状况卜.Pymol会默认选择这个两道斜杠中被省略的IdCnWier列表中的全部元素，也就是说被省蛤的部分被PymOI当作了一个通配符。例如上例中我要选择全部的"segment"，所以我就把它给省略不写了，呵呵，便利吧,在举些例子来说明一F：Pymol>colorgreen,a/142/斜杠后面的“name-identifier"被省略了，所以第142号法团的素有原子都会变成绿色.Pymol>shwocartoon,a/a斜杠后面的"rcsi-identifier”以和最终斜杠后面的"name-identifier,被省略了，所以整个a链将以Cartoon的方式被显示。Pj,mol>zoom2vlO/b2个斜杠间的“segi-identifier“被省略，所以全部的b链将被放大C最终总结一下，Pymol的选择宏必需至少包含一个斜杠以此来和PymOl的'select-expression”区分；并且不能包含空格，因为PymOI是把宏作为一个词来读取的；还有就是其实Pymol在执行宏的时候首先是把它翻译成正常的"select-expression",然后再执行的。关于cartoonCartOOn常常被用来显示个蛋白质的总体结构，看起来也很美丽。这次就来说说它的具体用法。不久前本人刚搞定了一个GhICoSyltranSferaSe的结构，所以下面全部的例子都用来它来说明Ccartoon的吩咐格式如下：Pymol>cartoontype,(selection)总结一下cartoon的显示类型:automatic：默认的显示方式tube:比loop粗点putty:这个比较好玩，根据R-factor来显示，越高越粗ovalrectanglearrow：和rectangle几乎,样，就是多了个箭头dumbbell：在oval的基础上，在helix的边缘加上一个cylinderskip：隐藏,该图中隐藏了6-120号氨基酸。下面说说如何设置cartoon的一些具体细微环节。比较下面的2幅图：你会发觉第一张图中sheets是平的，而当中的那个氨基酸的支琏并没连接在Sheet上，这是因为为了显示的美丽，把Sheet人为的抹平了。而其次张图中的sheets则表达了蛋白质的真实走向，所以氨基酸的支链也显示正常。也就是说，假如你想表达某个局部的具体细微环节的时候，最好采纳其次张图中的显示方式。2张图对应的吩咐分别是：Pymol>setcartoon_flat_sheets,1Pymol>setcartoon_flat_sheets,0类似的吩咐对应于loop,就不举例子了：Pj,mol>setcartoon_smooth_loops,1Pymol>setcartoon_smoothJoops,O下面再说说cartoon尺寸。HeIiX的厚度和宽度：PymO1>setcartoon_oval_width,0.2PymO1>setcartoon_oval_length,1.5Sheet的厚度和宽度：PymO1>setcartoon_rect_width,0.5Pymol>setcartoon_rect_length,1.5loop的半径：Pymol>setcartoon_loop_radius,0.2假如你设置了cartoon的显示风格为fancyPymol>setcartoon_fancy_helices,1Pymol>setcartoon_fancy_sheets,1这样你得到的helix的边上会带有一个很细的cylinder,也就是上面儿张图中的显示方式。此时设置helix的厚度，宽度，以和这个Cylinder的半径分别是：Pymol>setcartoon_dumbbell_width,0.1Pymol>setcartoon_dumbbell_length,2Pymol>setcartoon_dumbbell,0.2依此类推，还可以设置和PUtty,tube等等显示类型相关的尺寸，就不一一类举了。最终再加几个还用的君的吩咐吧：上色：Pymol>setcartoon_color,green竟然还可以refine,呵呵，逗号后面可以接数字，似乎1-20都可以，数字越大优化的越大，感觉的确能变美丽点：PymO1>setcartoon_refine,20设置透亮：PymO1>setcartoon_transparency,0.5关于cartoon还有些吩咐，感觉不怎么常用，有些我也不知道是干什么的。有爱好再探讨吧。PyMO1.用法（教程四）关于label在显示个蛋白结构的某个细微环节的时候，常常会须要给某些重要的织基酸打上标签，这就须要用到IabeI吩咐。Iabel的吩咐格式如下：Pymol>labelselection,expressionSeIeCtion当然就是你要加标签的对象，expression就是标签的内容，可选的有：name,resn,resi,chain等等。你也可以组合运用它们。expression也可以是你自定义的一段内容，这时候只要把内容用引号包含起来就行：Pymol>labelselection,"user-definedexpression"在卜,面这个例子中，我想把glucosyltransferaseUDP-Glucose的bindingpocket标注出来:首先说明一下，该Pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-GlUcose。PymO1>loadglucosyltransferase.pdb,tmpPymol>extractupg,chainbPj,mol>extractpro,chainaPymO1>deletetmpPj,mol>selectnear,prowithin4.5ofupgPymol>showsticks,upgPymol>showlines,nearPymol>labelnear,("%s%s")%(resn,resi)#C%s/%s"):设定显示格式。上面的图看起来有点乱，因为默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来I烦眼点，须要一点加工。在这之前，让我们先看下关干Iabel的其他设置：投影模式，可选值O（无投影），1（ObjeCt有投影到IabeI上，但是IabeI本身无投影），2（object有投影到Iabel上，label也有投影），3（object不投影到IabeI上，IabeI本身有投影）：PymO1>setIabe1.ShadOw_mode,3文字色：Pymol>setlabel-color,color-name,selection标签文字的轮廓的色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能：Pymol>setlabel_outline_color,color-name,selection)字体，PymOI内置了12种字体，编号从5-16。15号和16号字体是unicode的:Pymol>setIabC1.fon1.id,5字体大小，假如为正值，则单位就是正常的PXC你也可以用负值，则单位是A：Pymol>setIabe1.size,-0.5Pj,mol>setIabC1.Sizc,4设置Iabel