微生物分类鉴定方法.pptx

微生物分类鉴定方法,微生物分类鉴定方法,从不同层次（细胞的、分子的），用不同学科（化学、物理学、遗传学、免疫学、分子生物等）的技术方法来研究和比较不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的反映微生物类群特征的资料。,在微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料，都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。,微生物分类鉴定方法,鉴定指标的测取,经典分类鉴定法,现代分类鉴定法,流程,经典微生物鉴定方法,微生物分类学发展早期，主要的分类、鉴定指标尚局限于利用常规方法鉴定微生物的形态、构造和习性等表型特征水平上，即经典分类鉴定方法。,定义,经典微生物鉴定方法,鉴定指标,权威菌种鉴定手册,细菌：伯杰氏鉴定细菌学手册（第八版1974、第九版1994）、伯杰氏系统细菌学手册（第一版）19841989，2000年分五卷出版。,放线菌：中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表,真菌：Smith、Alexopoulos(阿历克索鲍罗斯）、Ainsworth（安斯沃思）的分类系统,细菌自动鉴定系统,API细菌数值鉴定系统“Enterotube”系统“Biolog”全自动和手动细菌鉴定系统,API细菌数值鉴定系统流程,微生物分类鉴定中的现代方法,核酸分析鉴定微生物的遗传型,细胞化学成分用作鉴定指标（略）,数值分类法（略）,核酸分析鉴定微生物的遗传型,DNA是除少数RNA病毒以外的一切微生物的遗传信息载体。每一种微生物均有其自己特有的、稳定的DNA即基因组的成分和结构，不同种微生物间基因组序列的差异程度代表着它们之间亲缘关系的远近、疏密。因此可以用基因组的一些指标作为鉴定微生物类别的依据。,微生物分类鉴定中的现代方法,DNA碱基比例测定,核酸分子杂交法,rRNA寡聚核苷酸编目,DNA碱基比例,DNA碱基比例是指（G+C）mol%值，简称“GC比”，它表示DNA分子中鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）所占的摩尔百分比值，即（G+C）%=+T+G+100%这是目前发表任何微生物新种时必须具有的重要指标。,DNA碱基比例,每个生物种都有特定的GC%范围，因此 可以作为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25-75%，变化范围最大，因此更适合于细菌的分类鉴定。,DNA碱基比例,GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作出鉴定，并可检验表型特征分类的合理性，从分子水平上判断物种的亲缘关系。,但具有相似G+C含量的生物并不一定表明它们之间具有近的亲缘关系。,核酸分子杂交,按碱基互补配对的原理，用人工方法对两条不同来源的单链核酸进行复性，以构建新的杂合双链核酸的技术，成为核酸杂交。包括DNA-RNA、DNA-rRNA、rRNA-rRNA分子间的杂交。,定义,核酸分子杂交,根据双链DNA（dsDNA）分子解链的可逆性和碱基配对的转移性，将不同来源的待测DNA在体外分别加热使其解链成单链DNA（ssDNA）,然后在合适条件下再混合，使其复性并形成杂合的dsDNA，最后再测定其间的杂交百分率。,核酸分子杂交,rRNA寡核苷酸数目,20世纪70年代末由于美国伊利诺斯大学的C.R.Woese等人对大量微生物和其他生物进行16s和18srRNA的寡核苷酸测序，并比较其同源性水平后，提出了一个与以往各种界级分类不同的新系统，称为三域学说，域是一个比界更高的界级分类单元，过去曾称原界。三个域指的是细菌域(以前称真细菌域)、古生菌域(以前称古细菌域)和真核生物域。,rRNA寡核苷酸数目,一种通过分析原核或真核细胞种最稳定的rRNA寡核苷酸序列同源性程度，以确定不同生物之间的亲缘关系和进化谱系的方法。,定义,rRNA寡核苷酸数目,它们普遍存在于一切细胞内，不论是原核生物和真核生物，因此可比较他们在进化中的相互关系他们的生理功能既重要又恒定 在细胞中的含量较高 轻易提取 编码rRNA的基因十分稳定 rRNA的某些核苷酸序列非常保守 相对分子质量适中,优势,rRNA寡核苷酸数目,细菌,16S rRNA基因约含有1540个核苷酸，分可变区和保守区，不同微生物可变区核苷酸序列不同，从而可以利用这些特异性序列进行微生物的鉴定；,rRNA寡核苷酸数目,rRNA寡核苷酸数目,采用RNase T1酶可以将16S rRNA酶解在G位点上切割，得到620个碱基大小的序列对这些620碱基片段进行分离、测序比较不同微生物之间SAB（Dice型相关系数）的相似性。,测定方法：,rRNA寡核苷酸数目,SAB=2NAB/（NA+NB）NAB代表两菌所含相同寡核苷酸的碱基总数，NA和NB分别代表两菌寡核苷酸所含碱基总数 SAB等于1，说明所比较的两菌株rRNA序列相同，是同一进化时间的微生物，若SAB值小于 0.1，两菌亲缘关系很远,测定方法：,