4种软件使用说明研究生课程.ppt

遗传多样性分析 Ntsys2.10,1、利用Quantity One读带，有带记录为1，无带记录为02、数据准备：生成0-1矩阵Example：60份荔枝龙眼材料的0-1矩阵3、利用NTsys2.10进行分析：相似性系数分析：Similarity Qualitative data聚类分析：Clustering SAHN生成树状图：Graphics Tree plot,遗传连锁图谱的构建 JoinMap3.0&MapChart,1、数据准备Example：荔枝MS群体图谱数据（1）txt文本的题头格式为：name 名称 popt=population type codes(如CP)nloc=the numbers of loci nind=the numbers of individuals,（2）位点的分离类型,作图群体在引物MG-AC-21上的分离情况（abbc），M为20bp ladder marker,作图群体在引物MG-AC-85上的分离情况（aab0），M为20bp ladder marker,作图群体在引物MG-AG-222上的分离情况（abab），M为20bp ladder marker,作图群体在引物MG-AC-203上的分离情况（a0b0，a000），M为20bp ladder marker,2、利用JoinMap3.0 进行连锁分析新建文件：File New Project数据转换：File Prepare Data：*.loc数据载入：File Load Data位点分群：LOD groupings（tree）Calculate连锁分析：Population Creat group for mapping Calculate map,3、收集*.map文件，利用MapChart构建图谱Example：（1）单个连锁群（2）连锁群配对,QTL分析 MapQTL5.0&MapChart,1、数据准备：*.loc，*.map，*.quaExample：MS群体.loc MS群体.map 12个荔枝性状数据.qua,2、利用MapQTL5.0进行数据分析新建文件：File New Project数据载入：File Load Data数据分析：Interval Mapping Calculate数据整理：选取LOD3.0 的位点 Example：MS群体QTLs数据,3、利用MapChart进行作图Example：MS群体QTL,Thanks for your attention！,