2024：ISPD对基因组测序在产前诊断中的应用的立场声明状.docx

2024:ISPD对基因组测序在产前诊断中的应用的立场声明多种产前基因组测序技术汇总本立场声明对7种基因测序技术的测序范围、测序深度、分析范围、优缺点进行了汇总。全外显子组测序（WES）是应用于产前临床实践及科研的主要技术方法，全基因组测序（WGS）目前仍主要应用于科研。建议咨询者要充分认识这些技术之间的差异，针对不同的病情，选择使用适当的检测及分析方法。TABLE1SummaryofsequencingJpproachesMethodWhM te Mquenced?WhM analyzed?Depth AdvanOceComment(Whole) 9en0me ,”为 of 3 MIton bp (intron *95% Ot 3 biHion bp (intron&. 30-40 X ComprebemAve: NC fno<ne dMa：eon no<v<odit)More VUS/GUS: pcnuble more SFAF: Ree*c fCipture (w4oie) Exom and IUnking intronWQume of -20000 enr (15% of Ienome)Exom and Canking intron MQUenC o* -20.000 g»«w5 (tS% of fenome)DisiUI (WbCM*om<DvtaO pretuui phenotype P*w«PoeentUI for SV. CNV.Mecticn*W0 × Ai MQuenceM4e enom analyzedlimited d«U on SVtnd NC V irterpre<atBondHeMe auocMtkNX expensive； lower coverageO COdrlg MQUenCe. not M genet<Munv cpturd; more rhk forQVUSu SFJF than ciMcMPrtAMaI phenotype and phenotype- dren paneh.Acceptable clinkj option with MDT eape ifwo¼mentof 3 Mlion bp Ontronsk Exons and flanki IeQUenCe 30-40 X Ae Mquencejbie exom JiMlyzcd; e Same m above; tower COMVrafe than Re5erc Criffx<xm. non<odn)of -20j0 (IM of scfxxne)JdJpcaUe JrwMK pli if rww gene diKOverYc<Mur hMc) *WEXore and HCine Eron Exom and flanking intron WQumt of -4000 ftrm sequence of -1300 fnICO X Comprebemxve for known genes wit prtruul phcnotet; lower rk IOf GUS/VUS than WhoteZdinT xome N<h cowrite may indude method for CNV detection; rea<w*ytH SB not detected Infrequent IFSOniy coding equence of ICnOMm genes Acceptable CliniCJI optiontof recMJi heno<yt not * genes equally cjpture<t regular update rQrdWmlMDTBert iwo¼mem(DiKiuOExomandfUt*NintronExomandAanlcineintron-100XKnownCeneSforspecificsyndrome/Oniycodingsequence%ofknomgeneAccepuMeClinkJioptionPhenCCeWQutnceof*4000gmrwqutneeoffewtoorgjnphenotype：IowvrrrtkforIOfrc2.PhenOCyPefnotMwithMOTEMrtdrivengeneXX>>scigeneGUS/VUSthanwho*edinkalgenesequahfcjtured:regularifwoKememPMwIprnaulxomrhigherWtf、PJnHupdtrquirdmyincludemethodforCNVMtction;fa*brHposib*t.SFsnotdetected.InfrequentIFsClinicj(MedkjExomandIUr>nintronExomandfhnktcintron*100×Kncmwi<faeeCenes:includesCMycod<MquencesofknownAcceptableCHnkJIoptione«omew>un.of*4000ftrmMQuence0*4000SHCchildhooddhordrsw/opfnjUidH*>te<enMgwwguiwithMOTSCPfrtCJpeUrrPbenohprlowerMforGUSthancaptured:morertekforGUS/WSirwofcmentwoieeome,higherc<w<eXdSFFthanPrmMXphenotypeandpbeno<ype-<lvenpanete;CJnbecomeoutdatedwithrwwdHMgenedhcovtrGenePandExcmandfljnkingntmExomandflankingintron-100XKnowngeneforspecificsyndrom/OrCodECMquencesofknowngenesNotprerred.IxXcaptureMqUWofwtoKXriofWqUenc.OtfwtoOrtJnpno(yprlowerrKktorIOfHMCihCPtWnotVpt.5becomeMePUbieOQuCnUCeneSXXTsofgermGUS/VUSthanwho*edenkAlmoreQdChfOUtdXedwithnewCMOmenotavaM4eprnM*eaomrhighercow*4rd*Mege<wdrtcowv:P*HmyincludemethodforCNVmu3r(MSnedbMedonPOStnauldetectionSFsnotdctedPrewnUCkxVInfreQUentIFsAbbreviitiom:CNV.copynumbervxU<tGUSUgtnnofert>s11iAcjnce:IF.ide11Kfmdi11cs:MOT.multadcpftnryte«mwithSenetiC3CBPeVlXNCnoo-coding:SF.Mcondvy<tiomb*e)ndk<SV.UnJCtUr”vmM&VUShvjrtentsofunce11Jinslcjnc.全外显子测序（WES）在产前诊断中的应用现状本立场声明汇总了近期多项研究中WES在产前诊断中的诊断率，并进行了不同系统胎儿异常的WES诊断率比较。全外显子组测序对于核型和染色体微阵列分析阴性的超声异常胎儿总体诊断率为31%o且在经选择的病例组(即基于表型或家族史高度怀疑单基因疾病的病例)中诊断率可进一步提高到42%。胎儿骨骼系统异常、神经肌肉疾病中WES诊断率较高。TABLE2DiagnosticYiCWoffetalsequencinginfetuseswithanormalkaryotypc/mkroarrayCategoryNo.Addeddta<fMnt>cyieldReferenceMultisystem,selectionrxxdened698Mellb2022,694Pauta2022x,Selectedforlikelymonogenketiology140Pauta2021”1293MdIiS2022'Anyabnormality(s).noselection2771Mell20221IsobtcdSkctetal424Mellis2022,NevromuscuIarZFeUlakinesiadeformationsequence(FADS)33Mellls2022,Isolatedhydropedeu137Mdlb2022,Isobtedcardiacabnormalities773Mcllis2022,IsolatedincreasedNT(atpresentationandthroughoutpregnancy)290Mellis2022,IncreasedNTPiUSotherInomJIyatpresentationorlater91Mellb2022bnIsohtedCNSandcomplex)417Mdh2022,IsolatedcongenitalanomaliesofkidneysandUrindrYtract(CAKUT)2789%Mellis2022,Isolatedechogenkkidneys1172%Denc2022j,Isotatedagenesisotthecorpuscallosum4529%Lei2022i4:Baptiste2022mNotet.DatJarelargelyUkenfromthesystematicreviewbyMeIUs(2022).Whkhcoveredpublicationsfrom1stJanUdry2010until31stOctober2021.asotherreviewsdonotbrekdownthecategoriesbsystem.Additionaldataisprovidedfrompubikationsidentifiedmorerecently*建议对于基因组测序的应用，无论是用于研究还是临床，都要考虑以下要点：要点1.最好是作为核心家系分析，即胎儿和父母样本一起测序和分析。要点2.在胎儿期遗传疾病的基因型-表型关联仍然较为有限。要点3.咨询者需要是经过遗传方面严格培训的专家。最好由在产前诊断及基因检测方面有丰富的知识和经验的多学科团队参与咨询，结合临床、实验室、影像学等资料共同分析。要点4.检测前咨询、知情同意、检测后咨询要考虑以下要素：需进行个性化咨询；通过教具辅助咨询；胎儿遗传信息的特殊性，最好夫妻双方共同参与并知情同意；需告知可能的结果（致病、可能致病、意义不明、可能良性、良性），告知残余风险，检测周期，检测失败可能；告知报告原则，告知次要发现和意外发现的变异的报告原则；发现非亲子关系或夫妻近亲结婚的可能性；遗传信息应用的知情同意；不管是否有异常结果，均应进行检测后咨询，告知目前的结果及未来进行重分析的可能性，应使用通俗的语言告知受检者后续生育和检测的可能选项。基因组测序在科研和临床中的应用仍有待研究，但产前诊断基因测序分析技术在过去几年里的提高，为临床应用提供了一定经验。a.胎儿有严重的单一异常或多器官异常的，微阵列分析（CMA）阴性但咨询者认为该表型有遗传学病因，或者多个异常表型提示某种单基因疾病。b.既往生育过单发或多发异常胎儿（或儿童）但未确诊的。如果无法获得先证者标本，可先进行夫妻双方的遗传学检测。特殊情况下，即便胎儿没有异常表型，也需考虑产前基因检测，例如儿童期发病的严重遗传病的家族史，没有产前表型，也没有进行遗传学检测的。此类情景应由多学科专家团队讨论决定是否进行产前检测。如需进行测序，则必须使用适当的分析方法。1 .实验室应具有相应资质，应遵循实验室质量标准、分析和变异注释原则。2 .基于胎儿表型的临床信息是解读测序数据的必要环节。在开始检测之前，临床医生必须提供临床信息。包括家庭和父母病史，以及所有产前影像资料（超声、MRI等的细节）。影像学报告应包括胎儿生物测量。使用规范的人类表型术语，但有些有关胎儿的术语仍在更新中。在某些情况下，查看图像可能会有所帮助。鼓励实验室建立系统，以提供标准化的表型信息。3 .初始变异注释和过滤最好由实验室执行。应采用明确的变异过滤策略，并告知临床医生，在实验室报告中说明。4 .变异分类也最好由实验室根据当地最佳实践指南进行。应基于胎儿表型和其他相关的临床信息。建议使用多学科团队（包括临床、影像学、遗传学专家或具有产前专业知识的遗传咨询师，以及产前诊断专家）共同讨论可疑的变异。5 .考虑到测序数据的复杂性，强烈建议实验室和临床医生之间加强沟通，进行最终注释修订。6 .报告结果最好集中在与胎儿表型相关的致病性和可能致病性变异上。7 .一些实验室可能报告与胎儿表型相关的意义不明的变异。在这些情况下，强烈建议咨询遗传学专家。基因组测序技术正在快速发展，其应用于胎儿疾病与畸形产前诊断的科学和临床知识仍然不完整，且变化迅速。在胎儿没有明确的先天性异常时，目前不建议常规使用基因组测序进行产前诊断。为了评估产前基因组测序应用的潜力，需要进行大样本的前瞻性研究。基因组测序的临床实践可能存在地域性差异，本声明提供了一些广泛适用的分析及咨询原则，需要制定本地实践指南以指导产前基因组测序的应用。