肉牛种业科技创新发展现状与趋势分析.docx
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1、肉牛种业科技创新发展现状与趋势分析摘要:良种对肉牛业发展的贡献率达40%为牛肉产品稳产保供提供了美键支撑,而科技创新是引领肉牛种业高质量发展的基础和关键。因此,该文立足“十四五”面向“十五五”,分析了近年来国内外肉牛基础研究和育种技术领域的研究进展,并探讨了未来肉牛种业科技创新在重大基础研究、核心关键技术研发等领域的重点方向,为加强肉牛种业科技创新及产业战略部署,提升我国肉牛种业科技创新能力和种业高质量发展奠定基础。关键词:肉牛种业:科技创新;现状与趋势我国是牛肉生产和消费大国,据国家统计局和中国海关统计,2021年我国肉牛存栏9817万头,出栏4707万头,牛肉产量约698万吨,消费量达93
2、0万吨,位居世界第三大生产国和第二大消费国。随着消费和生产缺口的拉开,2021年我国牛肉进口量达到233万吨,几千是美国进口量的2倍,一跃成为世界牛肉第一大进口国。据国家肉牛耗牛产业技术体系研究表明,2030年我国牛肉消费量将达到1200万吨以上,如果没有明显的技术进步,我国牛肉生产远远不能满足需求增长。良种对肉牛业发展的贡献率达40%,为牛肉产品稳产保供提供r关键支撑。自2011年全国肉牛遗传改良计划(2011-2025年)实施以来,我国肉牛种业取得显著成效。但对标国际肉牛种业强国,我们仍存在许多方面的“卡脖子”问题,一是自主品种市场占有率不高,“顶天立地”的品种少;.是肉牛育种数据库基础性
3、建设薄弱;三是精准高效育种技术的研发与应用仍处于起步阶段;四是地方种质资源挖掘与创新利用不足:五超肉牛联合育种机制仍需要探索。面对这些“卡脖子”问题,科技创新是引领肉牛种业高质量发展的基础和关键。为深入贯彻落实习近平总书记关于打好种业翻身仗、推动科技自立自强等重要指示精神,该文立足“十四五”面向“十五五”,准确把握肉牛种业领域的科技发展现状及趋势,探讨肉牛种业科技创新重大基础理论问题、核心关键技术研发和新品种培育能力提升等方面内容。同时,该文也为加强肉牛种业科技创新及产业战略部署,提升我国肉牛种业科技创新能力,肉牛种业高质量发展奠定基础。1肉牛种业基础研究现状1.1 牛基因组学研究2009年,
4、由美国、澳大利亚、新西兰等共计25个国家300多位科学家组成的国际研究团队,发布了第一个以海福特牛为样品的牛基因组序列,正式拉开了牛基因组学研究的序幕。随后瘤牛、耗牛、水牛等不同牛属不同品种的参考基因组相继组装完成(见表1)。这些牛参考基因组的发布,为研究人员挖掘鉴定与牛生长发育、胴体、肉质和抗病等性状相关的重要功能基因提供了更加完善的牛基因组图谱。正如澳大利亚联邦生物信息研究带头人达尔利姆普勒博士所说:“希望牛基因组测序工作的完成能够有助于培育出肉质更好或产奶量更多的新品种牛”。表1国内外牛基因组组装研究进展Mt14人1大G3Cert。MJM3dSMtMbMW1.*,MM*V*XT*11.C
5、MDIImw2Umm何IXK*八位大学IMV分校W.uaUM.bu4IPMatfIQ2加,必UJ91.B8UM的IftXMK海RCdYWIAKM.KNZJeeo加MJS1.II.WIKMWIK)UMdRmmc*-M1.Mrj0HfM1.NmAnty-AKNNZ.H*oFnr1.13KT)M*ZaGTAWTMi*ItXXOmbRKIIM.H11.MM1*IIM104ASPMiJ-加mMAM4RMIRfIANKI律力U44PHtUK4*网jt0送otmtwit.-W尔午.MKWmJOmu1hwhM*tM11SR1.金翁尔,MWm1.】3WIOJIote2OWM.IhMVMGCAW)WIfy*M1M
6、皿*202A9M2M1.IhMvunIHnS田*FmBMGmQ.JW“72IHHNwvGf14KK.I1.MmRIM牛RM1.6MiA7MVirt-MIMItf411mm1.J0ep131.2Hwmo1.1.ifOiUVWt*HT5依XP文篇,52M164MHtenI1.Sat*(MWSOCIIMWWtMmm1.MIM2MJNMM*UU1.MtAJKIXM2MACMAW1.:1.y1.T(VQW1.E1.tK,UMUiSuMmZJmM.OO)M014on4MBm*IA(UMIW2ASM3MUUIIjMtOI4IMo)AXKABr2”ImA4U04tnHA,IMMIO1.1102S6*.havM
7、tP1.,一日念I大学AW】)015U1.kanHI我国在牛基因组方面的研究也紧跟国际前沿,2012年兰州大学组装了首个家牝牛的基因组u,2021年又以麦洼利牛为研究对象,组装了目前为止高质量的染色体水平家耗牛基因组,其ContigN50氏度达到44.72Mb,也是目前最高质量的反刍动物基因组。牝牛高质量基因组的完成,不仅有助于揭示耗牛产奶、产肉等重要经济性状以及其高原适应性的重要遗传机制,也将有助于进一步揭示人类所出现的各种高原不适症,促进对缺氧相关疾病的认识、预防和治疗。此外,2016年四川大学组装了欧洲野牛基因组:2019年华大基因和西北工业大学分别组装孟加拉水牛、非洲水牛的基因组序列,
8、为深入了解水牛这一物种的起源、驯化过程及其品种选育等奠定重要的遗传学基础。2017年中国科学院昆明动物所,2022年中国农业科学院北京畜牧兽医研究所分别组装了独龙牛全基因组组装序列,并通过比较基因组学揭示了独龙牛的起源与系统地位问题,染色体融合的分子机制以及环境适应性的遗传基础,对我国地方牛种质资源的优异种质和基因精准鉴定具有市要意义。1.2 牛泛基因组学研究随着三代测序组装的高质量参考基因组的陆续发布,以及大规模重测序和群体遗传学分析的广泛进行,研究人员发现来自单一个体的参考基因组远不能涵盖整个物种的所有遗传序列,因此泛基因组的概念应运而生。2021年,瑞士苏黎世联邦理工学院发布了Origi
9、na1.Braunvich牛品种的基因组组装,并利用已发表的普通牛(海福特、安格斯、高地牛)、瘤牛(婆罗门牛)和耗牛基因组,构建了牛亚科物种第一个图结构泛基因组。与参考基因组(ARS-UCD1.2)相比,检测到超过7000万个碱基缺失,包括参与免疫反应和调节的基因传。在2022年5月,瑞士苏黎世联邦理工学院联合美国农业部动物基因组学和改良实验室以瑞士褐牛的品种内杂交、内洛尔牛和瑞士褐牛的亚种间杂交、印度野牛和皮埃蒙特牛的种间杂交的后代中构建了单倍型分型基因组,结果表明在增加杂合度后,每一个分型基因组在连续性、完整性和准确性方面比目前的牛参考基因组都有了实质性的改善17O2022年,英国爱丁堡大
10、学构建了非洲NDama和Anko1.e两个品种公牛个体的高质量基因组(见表1),并结合294头不同牛品种的市测数据构建了牛图结构泛基因组,发现了116.IMb(4.2%)的变异在海福特牛基因组中缺失久我国西北农林科技大学也利用已发表的12个牛属物种基因组构建了牛泛基因组,发现了与免疫、代谢等功能相关的基因,全面挖掘了牛遗传多样性和本土适应机制(见表2)。表2国内外肉牛泛基因组构建研究进展比MUHK碑”次序,Mb僮tHUG4个位点作为基因编辑靶标,利用基因编辑、动物克隆、MoET与常规繁殖技术成功培育出双肌鲁西牛、双肌蒙占牛和双肌西门塔尔牛等基因编辑肉牛新品系。1. 3.2功能基因及分子标记研究
11、与应用1.3. 2.1生长与胴体性状生长发育和胴体性状是肉牛生产中最重要的经济性状,可占胴体价格影响因素的60%70%。目前在西门塔尔牛、利木赞、海福特、夏洛莱、安格斯、瑞士褐牛和荷斯坦牛群体中进行Meta-GWAS和eQT1.分析,定位到1.COR1./NCAPG基因SNP间的1.D很高,并发现1.COR1.的一个错义突变与牛的体型显著相关,该基因与人、大鼠和小鼠身高变化也有关,。此外,在欧洲牛品种的基因组研究结果中,对37个牛品种(】7个肉牛品种,M个奶牛品种,6个兼用品种)的核心选择信号区域(CSS)进行了报道,鉴定到291个CSS与体尺性状相关候选基因对。我国在中国肉用西门塔尔牛群体中
12、基于一步法GWAS,单倍型、拷贝数变异等策略鉴定到与体高、十字部高等体尺性状,初生重、日增重等生长发育性状相关的候选基因,如SOX2、1.COR1.0以胴体重、屠宰率、净肉率、上脑重、和尚头、金钱腱和骨重等胴体性状为研究对象,鉴定到1.CoR1.、P1.AG1、RYR、EM1.6、HOMER1.和SAMDI2候选基因WI)在中国和牛群体中基于全基因组水平分别检测到18个、5个和1个与十字部高、身高和体长相关的SNP,这些SNP在11个候选基因内或附近,其中6个候选基因(PENK、XKR4、IMPAD1、P1.AG1、CCND2和SNTGD已经在多个群体被报道过此外,在地方黄牛的研究中发现,PO
13、MC基因的变异位点与关岭黄牛的体斜长具有关联性点,还与南阳牛体重相关如。SH2B1基因的多态性显著影响秦川牛的体高、体长、坐骨端宽和胸围。FGF21基因第297位和第940位的多态性与南阳牛18月龄体重显著相关*。1.4. 2.2饲喂效率性状在肉牛生产中,采食量和饲料利用效率是极其重要的经济性状,常用饲料转化率(FCR)、料重比(F/G)和剩余采食量(RFD来衡量饲料利用率。在遗传基础解析上,在巴西内洛尔肉用牛群体中对平均日增重、干物质采食量、FCR,RFI等性状进行了遗传参数估计和相关性测定,结果我明,RF1.与平均日增重、干物质采食量和FCR的遗传相关分别为-019、0.61和0.50,表
14、型相关分别为0.03、0.65和0.35。在肉牛的RFI及脂肪酸等性状的相关性研究中得到RFI与n-6/n-3U8:2n-6等不饱和脂肪酸间的遗传相关系数绝对值在0.4以上(-0.430.52),说明低RF1.的选育同时也可以改善脂肪酸组成,有利于人体健康。在功能基因挖掘方面,在安格斯、内洛尔等群体中采用GWAS策略鉴定到与RF1.相关的分子标记,主要与OAS2、STC2、SHOX、XKR4、SGMS1、DCPIB和SUPT20H候选基因相关。此外,对高低RFI组的内洛尔牛的骨骼肌和肝脏中表达调控研究5iRNA-mRNA),结果显示共鉴定到310个牛的miRNA,其中miR-7、miR-199
15、a-3p和miR-486等10个miRNA可能与RFI性状变异相关。同时,针对差异表达miRN的靶基因和miRNA-mRN相关模块进行功能富集分析发现,与RF1.性状相关的信号通路涉及胰岛素、脂质、免疫系统、氧化应激和肌肉发育。1.3.2.3肉质性状肉质性状作为复杂的经济性状,其度量指标众多,但它们之间又有相互关联。国际上已在普通牛(日本和牛、韩牛、安格斯、海福特、莫罗黑牛和短角牛),地方热带牛(贝尔蒙特红牛和圣格鲁迪牛)和摘牛(婆罗门牛)等多个肉牛群体脂肪酸组成的遗传结构分析中发现了多个SNPS与脂肪酸组分存在显著相关,研究证明,FASN和SCD基因对脂肪酸存在较大的影响mj同时,也鉴定到与
16、肉嫩度、眼肌面积、背膘厚度和大理石纹相关的QT1.区间,基因注释得到与ASAp1、CAPNUCAPN5如刈。此外,在蛋白质和代谢水平中,应用iTRAQ和HP1.C-ES1.-MS技术对不同部位的分割肉块中肌肉颜色和氧化稳定性相关的营养和代谢物质鉴定,确定了酰基肉碱、游离氨基酸、核甘酸、核苗和葡糖醛酸酯等候选物质与肉品质密切相关蚓。在国内研究中,已在华西牛、中国和牛杂交群体中鉴定到与脂肪酸组分相关的候选基因,如E1.OV1.5、FASN.CASP2、TGf同时,在华西牛群体的脂肪颜色、肉色、大理石花纹、眼肌面枳和剪切力等5个肉质形状进行关联分析,找到TMEM236、SOR1.kTRDN,S100
17、A1.0、AP2S1等一系列候选基因幽。在地方黄牛中,在郑县红牛、鲁西牛和秦川牛群体中均发现GPR41基因作为脂肪酸感受器可以感知来自消化腔的短链脂肪酸,能够促进瘦素的分泌、调节糖脂和能量代谢、控制体重等功能此外,采用转业组和蛋白质策略得到了中国晋江黄牛早期背最长肌和腰大肌分子差异,鉴定到与肉质性状相关基因(MTND2,ND41.、COIkS1.C16A7,H0XC6),揭示了施活性(乳酸脱氢随、苹果酸脱氢酹和琥珀酸脱氢酶)、丙阳酸含量等代谢物数量发生的变化中。1.3.2.4繁殖性状繁殖性状作为重要的生产性状,与动物生产成本和经济效益密切相关。OIiVer等发现位于B1.M9的SIC2和SPC
18、A3基因参与氧化应激,影响妊娠。StegemiI1.er等通过GWAS确定了卵泡计数(AFC)位点在2、3和23号染色体,生殖道评分(RTS)位点在2、8、10和11号染色体,STC1.基因与排卵数版少显著相关,跨膜蛋白260和胞喘唬/尿喘腹单磷酸激酶2与繁殖性能相关。有趣的是,与嫩度相关的基因会影响牛繁殖性能,CAPN1.等位基因与肉牛产后发情间隔的增加有关,CAST多态性与牛的生育能力和繁殖寿命有关,DGAT1.多态性也与牛繁殖性状相关,表明使用CAPN1.等标记增加嫩度,可能会延迟母牛地再繁殖网。1.3.2.5环境适应性我国有丰富的地方牛品种遗传资源,不同地区牛品种经历了长期的选择和培育
19、后能够生活在差异的环境条件下,其机体已经形成了独特的适应性进化体系。如在寒冷气候适应性研究方面,在延边牛群体中鉴定出3个候选基因(CORT、FGF5和CD36),推测出错意突变(c.638AG)是延边牛耐冷性的候选基因。在大通耗牛和蒙占牛群体中,通过SW位点的多态性比例差异分析,鉴定到与热休克蛋白、氧气运输、线粒体DNA维持、代谢活动、采食量、胴体结构和生殖相关基因。同时,通过比较选取我国南、北方代表型的蒙古牛和闽南牛,鉴定出大量差异性变异,获得1096和529个潜在选择基因分别与环境适应性、饲料效率和肉/奶产量等性状相关。此外,高原适应性上,在牝牛、藏牛g、大额牛群体中逐步挖掘到一系列环境适
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