结核分枝杆菌复合群耐药基因突变检测试剂注册技术审查指导原则(2017年 ).docx
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1、结核分枝杆菌复合群耐药基因突变检测试剂注册技术审查指导原则本指导原则旨在指导注册申请人对结核分枝杆菌复合群耐 药基因突变检测试剂注册申报资料的准备及撰写,同时也为技术 审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考。本指导原则是针对结核分枝杆菌复合群耐药基因突变检测 试剂的一般要求,申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是 否适用,若不适用,需阐述具体理由及相应的科学依据,并依据 产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。本指导原则是对注册申请人和审查人员的指导性文件,但不 包括注册审批所涉及的行政事项,也不作为法规强制执行,如果 有能够满足相关法规要求的其他方法,也可以采用,但需要详细 阐
2、明理由,并对其科学合理性进行验证,提供详细的研究资料和 验证资料,相关人员应在遵循相关法规的前提下使用本指导原 则。本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下 制定的,随着法规和标准的不断完善,以及科学技术的不断发展, 本指导原则相关内容也将适时进行调整。一、范围本指导原则所述结核分枝杆菌复合群耐药基因突变检测试 剂是指:利用分子生物学技术,对结核病患者的临床样本或培养 物样本中的结核分枝杆菌复合群耐药基因突变进行体外定性检 测的试剂。针对该定义,需要强调如下几点。L适用人群为:结核病患者。特别注意的是,对于同一注册 单元内可同时进行结核分枝杆菌复合群核酸检测以及耐药基因 突变检测的双
3、功能试剂,尽管其核酸检测部分的适用人群为疑似 结核病患者,但只有核酸阳性才能进行下一步的耐药基因突变检 测,因此其耐药基因突变检测部分的适用人群为结核病患者。2 .适用样本可为:2.1 痰、支气管肺泡灌洗液或其他体液等临床样本或培养物 样本;2.2 进行结核分枝杆菌复合群耐药基因突变检测的上述样本 应为结核分枝杆菌复合群阳性的样本。即:来自结核病患者的、 结核分枝杆菌复合群阳性的痰、支气管肺泡灌洗液或其他体液等 临床样本或培养物样本。3 .结核分枝杆菌复合群阳性的确认方法可为:已获国家食品 药品监督管理总局批准上市的结核分枝杆菌复合群检测试剂或 临床普遍认可的结核分枝杆菌复合群鉴定方法(如:结
4、核分枝杆 菌复合群核酸检测试剂或传统的结核分枝杆菌复合群培养鉴定 方法)。4 .对于同一注册单元内可同时进行结核分枝杆菌复合群核 酸检测以及耐药基因突变检测的双功能试剂,其耐药基因突变检 测部分适用于本指导原则。本指导原则所述产品的预期用途可表述为以下三种类型:L申报产品可区分具体突变类型,结果报告具体突变类型(a 类)。建议表述为:本产品用于体外定性检测来自结核病患者的 结核分枝杆菌复合群阳性的XX样本中的yy耐药基因突变,可检 测的突变类型包括zz,本产品可区分具体突变类型。2 .已知申报产品可检测的具体突变类型(如:针对具体突变 类型设计特异突变探针,从检验原理上已知可检测哪些突变类 型
5、),但结果不区分具体突变类型,结果报告为耐药/敏感等(b 类)。建议表述为:本产品用于体外定性检测来自结核病患者的 结核分枝杆菌复合群阳性的XX样本中的yy耐药基因突变,可检 测的突变类型包括zz,本产品不区分具体突变类型。3 .某段核酸区域的突变可导致对某种药物耐药,申报产品从 检验原理上没有必要明确具体突变类型,结果报告为耐药/敏感 (c类)。建议表述为:本产品用于体外定性检测来自结核病患 者的结核分枝杆菌复合群阳性的XX样本中的yy耐药,本产品无 法明确具体突变类型。本指导原则的技术要求是基于荧光探针PCR方法确立的, 对于线性杂交或基因芯片等其他核酸检测技术,可能部分要求不 完全适用或
6、本指导原则所述技术指标不够全面,注册申请人可根 据产品特性选择合适的方法进行评价和验证,但需阐述不适用的 理由,并验证其科学合理性,同时确认性能评价的充分性。本指 导原则适用于进行首次注册申报和相关许可事项变更的产品。二、注册申报资料要求(一)综述资料综述资料主要包括产品预期用途、产品描述、有关生物安全 性的说明、研究结果的总结评价以及同类产品上市情况介绍等内 容,其中同类产品上市情况介绍部分应着重从检测靶标、方法学 及不同基因突变类型检出能力等方面写明申报产品与目前市场 上已获批准的同类产品之间的主要区别。若尚无同类产品批准上 市,则应提交详实充分的科学证据,包括:突变区域、突变类型 与结核
7、分枝杆菌复合群表型耐药的相关性以及突变检测的临床 意义,证明申报产品的检测靶标具有明确的临床意义。综述资料应符合体外诊断试剂注册管理办法(国家食品 药品监督管理总局令第5号,以下简称办法)和关于公布 体外诊断试剂注册申报资料要求和批准证明文件格式的公告 (国家食品药品监督管理总局公告2014年第44号)的相关要求。(二)主要原材料的研究资料应提供主要原材料如引物、探针、企业参考品的选择与来源、 制备过程、质量分析和质控标准等相关研究资料。若主要原材料 为企业自己生产,其生产工艺必须相对稳定,并提交工艺验证报 告;如主要原材料购自其他供货商,应提供的资料包括:供货方 提供的质量标准、出厂检定报告
8、,以及该原材料到货后的质量检 验资料。L核酸分离纯化组分(如有)的主要组成、原理介绍及相关 的验证资料。2 .PCR组分的主要原料(包括引物、探针、各种酶及其他主 要原料)的选择、制备、质量标准及实验研究资料,主要包括以 下内容:2.1 脱氧三磷酸核昔(dNTP)核酸的组成成分,: dATP. dUTP. dGTP. dCTP dTTP; 应提交对纯度、浓度以及保存稳定性等的验证资料。2.2 引物由一定数量的dNTP构成的特定序列,通常采用DNA合成 仪人工合成,合成后经聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)或其他适 宜方法纯化。需提供对分子量、纯度、稳定性以及功能性实验等 的验证资料。如为外购,还应
9、提供合成机构出具的合成产物的质 检证明,如PAGE结果或高效液相色谱法(HPLe)分析图谱。2.3 探针特定的带有示踪物(标记物)的已知核酸片段(寡聚核甘酸 片段),能与互补核酸序列退火杂交,用于特定核酸序列的探测。 合成后经聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)或其他适宜方法纯化, 在5.端(和/或3-端)进行标记,并经HPLC或其他适宜方法纯 化,纯度应达到HPLC纯。应提供合成机构出具的合成产物的质 检证明,如HPLC分析图谱,应对探针的分子量、纯度及标记的 荧光素进行核实,并进行功能性试验验证。2.4 酶DNA聚合酶,应具有DNA聚合酶活性,无核酸内切酶活性, 具热稳定性,如:94保温1小时后
10、仍保持50%活性;尿咯唬DNA糖基化酶(UDG/UNG),具有水解尿咯暖糖昔键的活性, 无核酸外切酶及核酸内切酶活性。应对酶活性进行合理验证。3 .核酸类检测试剂的包装材料和耗材应无脱氧核糖核酸酶 (DNase)污染。4 .企业参考品:详细说明企业参考品的原料选择、制备和定 值过程等试验资料。4.1 阳性参考品应包括申报产品声称的全部突变类型。阳性参考品的突变类 型需经过金标准方法或已上市同类分型试剂的确认。常见突变类 型的阳性参考品至少有12种突变类型采用菌株,其他突变类 型的阳性参考品可以采用含有突变的核酸(如:结核分枝杆菌基 因组DNA或质粒),不建议采用临床样本(如痰液)作为阳性 参考
11、品。注册申请人可根据权威机构的最新文件或文献等确定常 见突变类型,并提交相应的支持资料。4.2 阴性参考品可采用经确认靶序列未发生突变的结核分枝杆菌菌株、申报 产品声称的其他无关突变类型的核酸等。4.3 最低检测限参考品最低检测限参考品须含有声称的所有突变类型。常见突变类 型的最低检测限参考品至少有12种突变类型采用菌株,其他 突变类型可采用含有突变的核酸。常见突变类型的确定方法可参 考本指导原则的“4.1阳性参考品工4.4 精密度参考品精密度参考品至少应包括弱阳性(低浓度突变型)水平,须 含有申报产品声称的所有突变类型。常见突变类型的精密度参考 品至少有12种突变类型采用菌株,其他突变类型可
12、采用含有 突变的核酸。常见突变类型的确定方法可参考本指导原则的“4.1 阳性参考品”。对于C类预期用途的产品,申请人应尽可能对国内已报告 的耐药核酸区域内的常见突变类型设置上述各种类型的企业参 考品。常见突变类型的确定方法可参考本指导原则的“4.1阳性 参考品”。对于利福平耐药基因突变检测试剂,阳性参考品、最 低检测限参考品以及精密度参考品至少应包括45种常见突变 类型,并且至少有12种突变类型采用菌株。对于其他药物的 耐药基因突变检测试剂,阳性参考品、最低检测限参考品以及 精密度参考品至少应包括耐药相关的常见突变类型,并且至少 应有12种突变类型采用菌株,突变类型的数量可根据申报产 品的具体
13、情况而定。5 .试剂盒内的对照申报产品的质控体系通过设置各种对照来实现,以对样本核 酸分离纯化、配液及加样、试剂及仪器性能、扩增反应抑制物(管 内抑制)、交叉污染和靶核酸降解等因素可能造成的假阴性或假 阳性结果进行合理质控。申报资料应详细说明各种对照的原料选 择、制备和定值过程等。本指导原则的技术要求是基于荧光探针PCR方法建立的, 对于采用该方法学的结核分枝杆菌复合群耐药基因突变检测试 剂,建议至少设置阳性对照、内对照和阴性对照。5.1 阳性对照阳性对照可对实验过程进行质控。阳性对照可采用菌株、质 粒或基因组提取物等。企业应对阳性对照相应判断数值做出明确 要求。5.2 内对照内对照可对实验过
14、程的假阴性结果进行质量控制。内对照可 采用质粒或线性DNA等。申请人应对内对照的引物、探针和模 板浓度做精确的验证,既要保证内标荧光通道呈明显的阳性又要 尽量降低对靶核酸序列检测造成的抑制而导致假阴性。企业应对 内对照或相应判断数值做出明确要求。5.3 阴性对照阴性对照可采用含有野生型靶序列的核酸或空白对照,以对 交叉污染造成的假阳性结果进行质控。阴性对照需参与样本核酸 的平行提取纯化。由于申报产品所适用的临床样本比较复杂,其中可能含有各 种影响PCR反应的抑制物,造成假阴性。因此,申报产品应充 分考虑对样本核酸提取纯化环节的质量控制,通过设置各种对照 进行质控。比如,采用克隆菌株作为内对照或
15、阳性对照并参与样 本核酸的平行提取纯化,或者设置专门的核酸提取纯化对照(如 菌株)等,以对样本核酸提取纯化的质量及效率进行评估。(三)主要生产工艺及反应体系的研究资料生产工艺及反应体系的研究资料应能对反应体系涉及到的 基本内容,如临床样本用量、试剂用量、反应条件和质控体系设 置等,提供确切的依据,配制工作液的各种原材料及其配比应符 合要求,原材料应混合均匀,配制过程应对pH、电导率、离子 浓度等关键参数进行有效控制。主要包括以下内容:L主要生产工艺介绍,可以图表方式表示。2 .确定最佳PCR反应体系的研究资料,包括酶浓度、引 物/探针浓度、dNTP浓度以及阳离子浓度等。3 .PCR反应各阶段温
16、度、时间及循环数的研究资料。4 .对于基线阈值和阈值循环数等确定的研究资料。5 .如申报产品包含核酸提取纯化试剂,应提交对核酸提取纯 化过程进行工艺优化的研究资料。(四)分析性能评估资料申请人应提交对申报产品进行的所有性能验证的研究资料, 包括具体试验方法、内控标准、实验数据和统计分析等详细资料。 该类产品建议着重对以下分析性能进行研究。L阳性/阴性参考品符合率各突变类型的阳性参考品均应检出阳性/耐药,阴性参考品 应检测为阴性/敏感。其中,常见突变类型至少有12种突变类 型采用耐药菌株,其他突变类型可采用含有突变的核酸样本。常 见突变类型的确定方法可参考本指导原则的“4.1阳性参考品”。2 .
17、最低检测限建议采用95% (n20)的阳性检出率作为最低检测限确定 的标准。扩增反应终体系中的突变序列百分率和总核酸浓度两个 因素对最低检测限的影响较大,终体系中突变序列的百分率越 高、所含的DNA量越多,则越容易检出。而终体系中的这两个 因素是由临床样本中的结核分枝杆菌耐药菌与野生菌的含量和 相对比例决定的。因此,需从以下两个方面考察申报产品的最低 检测限。2.1 100%耐药比例下,耐药菌株/突变核酸的最低检测浓度将结核分枝杆菌耐药菌株/突变核酸进行系列稀释,制备不 同浓度的耐药菌株/突变核酸样本。其中,常见突变类型至少有 12种突变类型采用耐药菌株,其他突变类型可采用含有相应 突变的核酸
18、样本(如:质粒或基因组DNA)。常见突变类型的 确定方法可参考本指导原则的“4.1阳性参考品”。分别对各浓度样本进行不少于20次的重复检测,确定95% 阳性检出率水平,作为可检测的最低耐药菌株/突变核酸浓度。2.2 不同菌株/核酸浓度、各种耐药比例的最低检测限。配制不同菌株/核酸浓度、各种耐药比例的混合液:将不同 浓度的结核分枝杆菌野生菌株和耐药菌株进行混合,调整野生和 耐药菌株的比例,得到含不同菌株浓度和各种耐药比例的菌株混 合液。或者,将不同浓度的野生质粒和突变质粒进行混合,调整 野生质粒和突变质粒的比例,得到含不同核酸浓度和各种耐药比 例的核酸混合液。其中,常见突变类型至少有12种突变类
19、型 采用耐药菌株,其他突变类型可采用含有突变的核酸样本(如: 质粒或基因组DNA) o常见突变类型的确定方法可参考本指导 原则的“4.1阳性参考品工对各份混合液进行不少于20次的重复检测,确定95%阳性 检出率水平,作为不同菌株/核酸浓度、各种耐药比例的最低检 测限。为确定痰样本的最低检测限,建议将至少1株结核分枝杆菌 耐药/敏感菌株、结核分枝杆菌阴性的痰样本进行混合,完全按 照申报产品的操作步骤对此“制备痰液”进行样本前处理、核酸提 取纯化和扩增等。对结核分枝杆菌阴性痰样本的确认,应采用涂 片、培养鉴定、临床诊断和其他已上市的核酸检测试剂盒进行联 合确认。应明确每种菌株/核酸的来源、突变类型
20、、浓度和制备方法 等信息。企业可采用适宜方法进行菌株浓度的确认,可采用铺板计数 细菌集落形成单位(colony forming unit, CFU)的方法进行菌株 浓度的确认,以CFU/mL作为菌株浓度的表示方式;也可采用国 家参考品对菌株浓度进行标定,以“个菌mL”作为菌株浓度的表 示方式。3 .分析特异性3.1 野生型验证:采用不同浓度的野生型结核分枝杆菌进行 验证,结果应为敏感或阴性。3.2 申报产品声称的全部突变类型间的交叉反应验证。3.3 对于痰等复杂的临床样本类型,鉴于可检测样本中可能 同时含有结核分枝杆菌复合群和非结核分枝杆菌复合群,为了验 证非结核分枝杆菌复合群等其他病原体对申
21、报产品的检测结果 是否造成假阴性和假阳性结果,需对核酸序列具有同源性、易引 起相同或相似的临床症状、采样部位正常寄生或易并发的其他病 原体进行交叉反应的验证。用于交叉反应研究的其他分枝杆菌具体包括:堪萨斯分枝杆 菌、海分枝杆菌、土地分枝杆菌、次要分枝杆菌、溃疡分枝杆菌、 戈登分枝杆菌、蟾蛛分枝杆菌、鸟分枝杆菌、凛疡分枝杆菌、苏 加分枝杆菌、龟分枝杆菌、脓肿分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、偶然 分枝杆菌、胃分枝杆菌、胞内分枝杆菌、草分枝杆菌。上述细菌 均应进行验证。用于交叉反应研究的其他病原体具体包括:肺炎链球菌、流 感嗜血杆菌、大肠杆菌、表皮葡萄球菌、隐球菌、金黄色葡萄球 菌、诺卡氏菌、绿脓杆菌、白色
22、念珠菌。上述病原体均应进行验 证。对于培养物样本类型,3.3项不适用。4 .干扰物质4.1 潜在干扰物质主要包括:内源性物质(不含待检野生/突 变靶标的相应临床样本)和外源性药物。建议使用医学相关水平 的干扰物浓度进行验证。建议申请人在每种干扰物质的潜在最大 浓度(最差条件)条件下进行评价。对于常见药物干扰试验,建 议参照相应药物药代动力学研究确定的治疗药物浓度添加相应 药物进行干扰验证。具体目录参见表3。用于干扰研究的外源性药物具体包括:异烟肺、利福平、抗 生素(如:阿莫西林、左氧氟沙星)、鼻腔喷雾剂或滴鼻剂(如: 肾上腺素、羟甲嗖琳、含防腐剂的氯化钠溶液)、鼻用软膏类(如: 莫匹罗星)、乙
23、胺丁醇、口比嗪酰胺、抗病毒药(如:扎那米韦)、 鼻腔糖皮质激素(如:倍氯米松、地塞米松、氟尼缩松、曲安西 龙、布地奈德、莫美他松、氟替卡松)。上述外源性药物均应进 行验证,括号内至少选做一种。对于培养物样本类型,4.1项不适用。4.2 对于培养物样本,干扰物质主要为适用培养基和相关药 物的干扰,应在最低检测限浓度/阴性条件下验证相关药物和培 养基对检测结果的影响,明确不产生干扰的最大培养基和药物浓 度。5 .精密度测量精密度的评价方法并无统一的标准可依,可根据不同产 品特征或企业的研究习惯进行,前提是必须保证研究的科学合理 性。具体实验方法可以参考国内或国外的相关文件进行。企业应 对每项精密度
24、指标的评价标准做出合理要求。针对申报产品的精 密度评价主要包括以下要求。5.1 对可能影响检测精密度的主要变量进行验证,除申报产 品(包括提取纯化组分和PCR组分)本身的影响外,还应对不 同的适用机型(如PCR分析仪)、操作者和地点等要素进行相 关的验证。5.2 合理的精密度评价周期,例如:为期至少12天的检测, 每天至少由2人完成不少于2次的完整检测,从而对批内/批间、 日内/日间以及不同操作者之间的精密度进行综合评价。如有条 件,申请人应选择不同的实验室进行重复实验以对室间精密度进 行评价。5.3 建议在以下3个浓度进行验证:5.3.1 阴性样本:靶序列未发生突变的结核分枝杆菌野生型 菌株
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