2023下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识（最全版）.docx

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1、2023下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识（最全版）近年来，宏基因组二代测序（mNGS）技术在下呼吸道感染（LRTI）病原诊断领域得到了广泛应用，国内临床医师在mNGS的临床应用方面已积累了一定的经验和证据。但mNGS在LRTI病原诊断中的适用场景仍缺乏规范，mNGS报告的临床意义解读也缺乏专业的指导意见。本共识基于mNGS在我国LRTI病原诊断方面的应用实践，梳理mNGS在LRTI应用领域的瓶颈问题，汇总本领域专家意见，明确了mNGS在LRTI病原诊断中的适用场景为mNGS报告临床意义提供了一条合理可行的解读路径，以期规范mNGS在LRTI中科学合理应用。宏基因组二代测序（

2、metagenomicnext-generationsequencing,mNGS）是近年来兴起的基于核酸检测的微生物鉴定技术,由于其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用U-4下呼吸道感染（IOWerreSPiratoryt3CtinfCtlOZLRTl要包括社区不犬得性肺5（COmmUnity-acquiredpneumonia,CAP）、医院获得性肺炎（hospital-acquiredpneumonia,HAP）、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS技术本身存在的局限性，mNGS诊断效力

3、的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理的解读。尽管国内就mNGS的技术要点和临床应用已有数部专家共识，但尚缺乏针对LRTI临床实践中具体问题的指导意见。为此，中华医学会呼吸病学分会发起并组织呼吸与危重症、临床微生物检验、感染等多学科的专家撰写本共识，以期规范mNGS在LRTI中的临床应用，为更好地规范解读mNGS报告提供指引。LRTl诊断要点、主要病原谱及特定致病微生物的危险因素本共识不再赘述，可参考相关指南或共识3-71。本共识采用问答的形式，首先提出需要阐明的问题，经共识写作组讨论后确定入选问题，在梳理临床证据的基础上给出每个问题的推荐意见及理由，并附上典型应用案例及其解析，方

4、便读者掌握共识要点。本共识适用于青少年和成人LRTIo一.LRTl病原学诊断方法学问题1:mNGS和传统微生物检测方法相比的优势与不足是什么？传统微生物检测方法技术成熟，可靠性较高，临床应用实践多；mNGS技术理论上能非预设性、一次性检测未知病原，检测范围更广，但存在技术复杂、报告解读困难等不足。与传统微生物学检测方法相比,mNGS的优缺点见表18中。不同的病原学诊断方法都有其各自的适用场景与前提，需要根据患者群体、病情特点、可疑病原微生物类别、当地实验室条件，选择适宜检测方法。I-NGSfn传统微生物学愉利方法汴IJm原学诊嘛中的优静与不足优暂不足*na(I)“必度空嫌帕样本中原生与叙俄多少

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8、非CAP常见病原微生物所致者。免疫抑制宿主包括原发性免疫抑制宿主、进展期恶性肿瘤患者或感染前1年内罹患恶性肿瘤患者(不含I期肺癌等早期恶性W瘤或局限性皮肤癌)、正在接受化疗的恶性肿瘤患者、HIV感染伴CD4T淋巴细胞计数700mg)、接受生物免疫调节剂治疗患者如抗肿瘤坏死因子(TNF)P单克隆抗体等、接受缓解病情抗风湿药或其他免疫抑制药物（如环抱素、环磷酰胺、甲氨蝶岭等）治疗的患者、各种原因导致的粒细胞缺乏患者（外周血中性粒细胞计数05109L）等2i3。2 .LRTI患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；LRTI经规

9、范经验性抗感染治疗48-72h后,感染症状仍持续加重或影像学快速进展者。3 .聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的LRTI;有特殊病史（如近期境外或野外旅游史）且经验性治疗无效,病情较为严重的LRTI;临床考虑特殊病原体（如钩端螺旋体、嗜肺军团菌、鹦鹉热衣原体等）感染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传统检测方案时。4 .患者有LRTI症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致（如结缔组织疾病的肺部累及、肺淋巴瘤等），可以在常规病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关检查同时送检mNGS以帮助鉴别诊断。问题3:哪些

10、临床场景通常不建议送检mNGS?1 .免疫功能健全宿主罹患LRTI（包括重症肺炎），经过规范的经验性抗感染治疗病情已好转。2 .LRTI已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治疗有效。3 .无法获取优质标本。问题4:如何根据所在医院微生物检测能力差异化送检mNGS诊断LRTI?mNGS技术本身具有价格昂贵、技术复杂、结果解读难度大的特点，不建议mNGS替代传统生物检测。在传统微生物检测能力不足的医疗单位,对于疑难、复杂或危重感染病例，可以考虑将mNGS作为传统的补充手段。原则上应首先针对可疑病原微生物选择可靠的检测方法，包括PCR等特异性的分子检测，但在缺乏相应检测手段的情况下

11、，可将mNGS作为备选。例如，疑诊病毒性肺炎期E典型病原体肺炎患者,应首选针对常见呼吸道病毒和非典型病原体的PCR或多重PCR和（或）抗原检测,在常规检测阴性或本机构无法进行相关检测时,可将mNGS作为重症患者的选择。三标本选择、采集和运送规范及质量评估问题5:如何根据LRTI特点选择mNGS送检标本类型？在LRTI的病原微生物诊断中，可用于mNGS检测的标本包括痰（含诱导痰）、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液（bronchialalveolarlavagefluids,BALF）、经支气管肺活检（transbronchialIungbiopsy,TBLB）标本、经支气管内超声（endobronc

12、hialultrasonographyzEBUS）活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液等I2。选择mNGS送检标本类型时应考虑下列因素：（1）标本中的病原微生物载量；（2）标本中污染或定植微生物的含量及其对检查结果的干扰；（3）标本中人源序列的含量及其对检测结果的干扰；（4）标本采集的难易程度及相关操作风险;（5）标本采集所需要的医疗费用。表2比较了常用呼吸道标本的临床适用场景。2LRn患弄总吸mNGS#川标本的比较标A中致病徵生物的*效利Xi物的t扰造用餐床场景Wn中心气道区域SB金气道内明崂现性为0患%的合I（Htt嘉女Q齐的悚本,我我4 生物&较低存在比较严重的口 Ir呼啜电人气道定怆生物

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17、明致病微生物注,LKTl:下”收遐0；mN370mg/L,降钙素原(PCT)72.89ng/ml,肌酊(Cr)376.1molL,肺CT示双肺弥漫磨玻璃密度渗出影和实变影，纵隔气肿。下一步应如何安排病原学检查？A:送检气管吸取物涂片+细菌/真菌培养+药敏、军团菌尿抗原、非典型病原体和常见呼吸道病毒RTPCR等病原学检测；B:送检BALFmNGSDNA+RNA检测;C:送检BALFmNGSDNA检测，同时送检非典型病原体和呼吸道病毒RTPCR军团菌尿抗原、六胺银染色、真菌抗原+涂片+培养、细菌培养+药敏等病原学检测；D:送检BALFmNGSDNA+RNA检测+军团菌尿抗原、六胺银染色、真菌抗原+涂片+培养、细菌培养+药敏等病原学检测。解析：该患者为免疫抑制宿主，急性起病，进展迅速，病情危重,已经出现I型呼吸衰竭，WBCxCRP及PCT显著升高，提示细菌或真菌感染可能性大，肺CT表现不