第6章基因操作中大分子的分离和分析.ppt
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1、第 六 章 基因操作中大分子的分离和分析,第一节 DNA的分离、检测和纯化第二节 RNA的分离、检测和纯化第三节 分子杂交第四节 RNA作图和端点分析第五节 重组DNA分子导入大肠杆菌,第一节 DNA的分离、检测和纯化,一、大肠杆菌质粒DNA的分离和纯化二、DNA的琼脂糖凝胶电泳三、聚丙烯酰胺凝胶电泳四、脉冲场凝胶电泳五、DNA片段的纯化,天然DNA来源:染色体DNA。病毒和噬菌体DNA。质粒DNA。线粒体和叶绿体DNA。,一、大肠杆菌质粒DNA的分离和纯化,分离质粒DNA的方法众多,其依据是利用分子大小不同、碱基组成的差异以及质粒DNA的超螺旋共价闭合环状结构的特点来进行分离。目前常用的有碱
2、裂解法、煮沸法、去污剂(如Triton或SDS)裂解法、羧基磷灰石柱层析法、质粒DNA释放法、酸酚法等。,1 碱裂解法提取大肠杆菌质粒DNA原理,碱裂解法由Birnboim和Doly设计并于1979年发表,基于染色体DNA与质粒DNA变性与复性的差异而达到分离目的。在pH高达12.5的碱性条件下,染色体DNA的氢键断裂,双螺旋结构解开而变性,质粒DNA的大部分氢键也断裂,但超螺旋共价闭合环状的两条互补链不会完全分离。,当以pH4.6的KAc高盐缓冲液调节其pH至中性时,变性的质粒DNA又恢复原来的构型,保存在溶液中,而染色体DNA不能复性而形成缠连的网状结构。通过离心,染色体DNA与不稳定的大
3、分子RNA、蛋白质-SDS复合物等一起沉淀下来而被除去。,大肠杆菌质粒DNA的提取步骤,pET28c(+)电泳结果,碱抽提法所用试剂的生化作用,提取过程中所用的材料有LB培养基、葡萄糖/Tris/EDTA溶液(5Ommol/L葡萄糖;25mmol/L TrisHCl;pH8.0,lOmmol/L EDTA)、TE缓冲液、3mol/L乙酸钾溶液、NaOH-SDS溶液、溶菌酶液、异丙醇、100%乙醇和70%乙醇等。,溶菌酶:溶菌酶是糖苷水解酶,水解菌体细胞壁的主要化学成分肽聚糖中的-1,4糖苷键,因而具有溶菌作用。葡萄糖:葡萄糖增加溶液粘度,维持渗透压,防止DNA受机械剪切力作用而降解。EDTA:
4、EDTA螯合Mg2+和Ca2+等金属离子,抑制脱氧核糖核酸酶对DNA的降解作用,同时有利于溶菌酶的作用。,NaOH-SDS液:NaOH浓度为0.2 mol/L,加抽提液时,该系统的pH就高达12.6,因而促使染色体DNA与质粒DNA的变性。SDS是离子型表面活性剂,它可以溶解细胞膜上的脂质与蛋白,因溶解膜蛋白而破坏细胞膜、解聚细胞中的核蛋白,还能与蛋白质结合成为R-O-S03-R+一蛋白质的复合物,使蛋白质变性沉淀下来。,KAc:pH4.8的KAc溶液是为了把pHl2.6的抽提液调节至中性,使变性的质粒DNA能够复性,并能稳定存在。高盐3mol/L KAc有利于变性的大分子染色体DNA、RNA
5、以及SDS-蛋白复合物的凝聚而沉淀。染色体DNA因为中和了核酸上的电荷,减少相斥力而互相聚合,钾盐与RNA、SDS-蛋白复合物作用后,形成钾盐形式复合物,使沉淀更完全。,无水乙醇:沉淀DNA,它的优点是可以任意比例和水相混溶,且乙醇与核酸不会起任何化学反应,对DNA很安全。DNA溶液是DNA以水合状态稳定存在,当加入乙醇时,乙醇会夺去DNA周围的水分子,使DNA失水而易于聚合。,酚-氯仿:酚与氯仿是非极性分子,水是极性分子,当蛋白水溶液与酚或氯仿混合时,蛋白质分子之间的水分子就被酚或氯仿挤去,使蛋白质失去水合状态而变性。经过离心,变性蛋白质的密度比水的密度大,因而与水相分离,沉淀在水相下面,从
6、而与溶解在水相中的DNA分开。而酚与氯仿有机溶剂比重更大,保留在最下层。,异戊醇:异戊醇能降低分子表面张力,能减少抽提过程中泡沫的产生。同时异戊醇有助于分相,使离心后的上层水相、中层变性蛋白相以及下层有机溶剂相维持稳定。,2023/11/7,16,2 通过试剂盒分离纯化大肠杆菌质粒DNA,二、DNA的琼脂糖凝胶电泳,1、凝胶电泳的基本原理一种分子被放置到电场中,它就会以一定的速度移向适当的电极。它与电场强度和电泳分子本身所携带的净电荷数成正比。就是说,电场强度越大,电泳分子所携带的净电荷数量越多,其迁移的速度越快,反之则较慢。电泳分子在电场作用下的迁移速度,叫做电泳迁移率。,2、影响电泳迁移速
7、率的因素:1)分子筛效应DNA分子在凝胶介质中泳动时有电荷效应和分子筛效应。DNA分子在高于等电点的pH溶液中带负电荷,在电场中向正极移动。由于糖一磷酸骨架在结构上的重复性质,相同数量的双链DNA几乎具有等量的净电荷,因此它们能以同样的速度向正极方向移动。在一定的电场强度下,DNA分子的迁移速度取决于分子筛效应,即DNA分子本身的大小和构型。,2)相对分子质量具有不同的相对分子质量的DNA片段泳动速度不一样,可进行分离。DNA分子的迁移速度与相对分子质量的对数值成反比关系。DNA样品与已知相对分子质量大小的标准DNA片段进行电泳对照,观察其迁移距离,就可获知该样品的相对分子质量大小。凝胶电泳不
8、仅可以分离不同相对分子质量的DNA,也可以鉴别相对分子质量相同但构型不同的DNA分子。,3)构型在抽提质粒DNA过程中,由于各种因素的影响,使超螺旋(SC)的共价闭合环状(CCC)结构的质粒DNA的一条链断裂,变成开环状(OC)分子,如果两条链发生断裂,就转变为线状(L)分子。这3种构型的分子有不同的迁移率。在一般情况下,超螺旋型分子迁移速度最快,其次为线状分子,最慢的为开环状分子。当提取到的质粒DNA样品中还有染色体DNA或RNA时,在凝胶电泳上也可以分别观察到电泳区带,由此可分析样品的纯度。,3、DNA的琼脂糖凝胶电泳1)DNA的显示原理:制备琼脂糖凝胶时加入溴化乙锭指示剂,溴化乙锭(EB
9、)在紫外光照射下能发射桔红色的荧光。当DNA样品在琼脂糖凝胶中电泳时,琼脂糖凝胶中的EB就插入DNA分子中形成荧光络合物,使DNA发射的荧光增强几十倍。荧光的强度正比于DNA的含量,如将已知浓度的标准样品作琼脂糖凝胶电泳对照,就可比较出待测样品的浓度。若用薄层分析扫描仪检测,只需要5lOng DNA,就可以从照片上比较鉴别。如用肉眼观察,可检测到0.010.1g的DNA。,2)影响电泳迁移的主要因素:DNA的大小DNA的构象琼脂糖浓度缓冲液:乙酸盐缓冲液(TAE)、硼酸盐缓冲液(TBE)、磷酸盐缓冲液(TPE)。,不同构像质粒,分离不同大小DNA片段的合适琼脂糖凝胶浓度,3)琼脂糖凝胶电泳的操
10、作过程,A、缓冲液制备B、EB母液配制:10mg/ml,在4下保存C、将点样梳洗净干燥放入胶板中D、琼脂糖胶板的制备:称量加入三角瓶一定的琼脂糖粉末,按所需凝胶浓度加入适量体积的缓冲液,将三角瓶塞口,微波炉中融化。融化好后冷却到60左右,加入EB溶液,至最终浓度为0.5ug/ml。摇匀倒入放置好的点样梳的胶板中,排走气泡。室温放置30-45min。,3)琼脂糖凝胶电泳的操作过程,E、加样和电泳:将胶板放入电泳槽,注入缓冲液,使液面高于胶面1-2mm,排出加样孔内的气泡,用微量移液枪加入DNA样品。接通电源,调好电压和电泳时间。可根据溴酚兰的位置结束电泳,关闭电源。F、取出凝胶,置于紫外投射仪上
11、,调好相机焦距拍照,3)琼脂糖凝胶电泳的操作过程,紫外线光源灵敏度:302nm254nm366nm,三、聚丙烯酰胺凝胶电泳特点:分辨率高适于寡聚核苷酸及DNA序列分析,DNA500bp载样量大回收DNA纯度高,四、脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis PFGE)与常规的直流单向电场凝胶电泳不同,这项技术采用定时改变电场方向的交变电源,每次电流方向改变后持续1秒到5分钟左右,然后再改变电流方向,反复循环,所以称之为脉冲式交变电场。,+,+,+,-,-,-,-,-,2,五、DNA片段的纯化,根据实验要求不同,有时需要高纯度的DNA,对提取的DNA样品须进
12、一步纯化并除去溴化乙锭(EB)。常用的DNA纯化方法有:低熔点琼脂糖凝胶电泳法、透析袋电洗脱法、氯化铯-溴化乙锭连续梯度离心法、离子交换层析法、“基因纯”试剂纯化等。,透析袋电洗脱法,适用于小剂量DNA纯化和酶切DNA片段回收。DNA样品在琼脂糖凝胶电泳分带。切取含待纯化DNA带的琼脂糖凝胶块,装入透析袋,进行电泳1-2h后,再反向电泳1-2min。吸取透析袋中的洗脱液于离心管中离心。转移上清液到另一离心管中,加入2倍体积无水乙醇混匀,于-20放置过夜沉淀后,离心后上清液,最后把沉淀物溶于TE缓冲液中,-20保存备用。,通过凝胶电泳回收的DNA样品和氯化铯-溴化乙锭连续梯度离心制备的DNA样品
13、,因检测需要而含有溴化乙锭(EB),会影响限制性核酸内切酶的切割,因此有必要去掉插入到DNA中的EB,常采用的方法有:正丁醇(或异戊醇)抽提或Dowex树脂层析法等。,2023/11/7,41,韩国 MEGAquick-spin PCR 产物与胶回收试剂盒,DNA的浓缩,当提取的DNA溶液的浓度达不到实验要求时,必须进行DNA溶液的浓缩。实验室常用的方法有:乙醇沉淀法、正丁醇抽提法和聚乙二醇浓缩法等。,(四)DNA的定量和纯度测定,DNA样品的浓度的测定,一般采用紫外光谱分析、EB荧光分析、水平式琼脂糖凝胶电泳法、聚丙烯酰胺凝胶电泳法和脉冲电泳法等。,紫外光谱分析法,紫外光谱分析法的原理基于D
14、NA(或RNA)分子在260nmm处有特异的紫外吸收峰且吸收强度与系统中DNA或RNA的浓度成正比。分子形状、双链与单链之间的转换也会导致吸收水平的改变,但是这种偏差可以用特定的公式来校正。该法的特点是准确、简便,但所需仪器较昂贵。,衡量所提取DNA的纯度可用OD260与OD280的比值,OD260/OD280对DNA而言其值大约为1.8。当OD260/OD280大于1.8则可能有RNA污染。当OD260/OD280小于1.8时则有蛋白质污染。双链DNA的OD260为 1时相当于浓度为50g/mL。单链DNA的OD260为 1时相当于浓度为40g/mL。寡核酸的OD260为 1时相当于浓度为2
15、0-40g/mL。,EB荧光分析法,EB荧光染料能插入DNA或RNA的碱基对平面之间并结合在上面,在紫外光的激发下产生桔黄色荧光。由于结合于DNA分子之上的EB的量与DNA分子长度和数量成正比,则荧光强度可以表示DNA量的多少。,将标准DNA溶液按浓度由低到高分别与同样体积的EB溶液混匀在一块黑色的点样板上形成一个浓度梯度,然后将待测DNA也与同样体积的溴化乙锭混匀,最后将待测样品与标准品在紫外灯下发出的荧光强度进行比较,就能测出该样品总DNA浓度。EB是嫌疑性的致突变物质。,第二节 RNA的分离、检测和纯化,细胞中的核酸:DNA和RNA。RNA:rRNA、tRNA、mRNA。一个典型哺乳动物
16、细胞约含10-5g RNA。80%85%rRNA(28S、18S、5S rRNA)。15%20%低分子量RNA(如tRNA、核内小分子RNA等)。1%5%mRNA,一般按2%计算。,实验成败关键:创造一个无RNase的环境去除外源性RNase的污染:DEPC(焦碳酸二乙脂)抑制内源性RNase的活性Rase阻抑蛋白(Rasin,非竞争性抑制剂)氧铜核糖核苷复合物硅藻土,RNA的抽提与纯化,总RNA的制备真核生物mRNA的纯化从总RNA中,用寡聚(dT)亲和层析柱分离mRNA。可应用Promega PolyAT tract mRNA 分离系统分离多聚(A)mRNA。将用生物素标记的寡聚(dT)引
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